曾經認為，蛋白質只有水解為胺基酸後才能被吸收。現已證明，小腸內的寡肽(指由2～6個胺基酸殘基組成的肽)也可被上皮細胞攝取。在上皮細胞頂端膜上存在二肽和三肽轉運系統，稱為H‘一肽同向轉運體，可順濃度梯度由腸腔向細胞內轉運H’，同時逆濃度梯度將寡肽同向轉運人細胞。進入細胞的二肽和三肽可被細胞內的二肽酶和三肽酶進一步分解為胺基酸，後者經基底側膜上的胺基酸載體轉運出細胞，然後進入血液循環。這一轉運過程需要鈉泵活動以維持Na’的跨膜勢能，進而維持H’的濃度梯度，故也是一種耗能過程。為了區別葡萄糖和胺基酸的繼發性主動轉運機制，有人將寡肽的吸收過程稱為第三級主動轉運(tertiary active transport)。
