氨苄西林壓力下ncRNAs參與傷寒沙門菌RpoE負向調控ramA機制研究

《氨苄西林壓力下ncRNAs參與傷寒沙門菌RpoE負向調控ramA機制研究》是依託蘇州大學，由杜鴻擔任項目負責人的面上項目。

基本介紹

• 中文名：氨苄西林壓力下ncRNAs參與傷寒沙門菌RpoE負向調控ramA機制研究
• 項目類別：面上項目
• 項目負責人：杜鴻
• 依託單位：蘇州大學

項目摘要

RpoE是腸道菌在環境應激下啟動基因表達的重要Sigma因子，也可通過啟動非編碼RNA(ncRNA)表達進而負向調控靶基因。我們發現，傷寒沙門菌rpoE缺陷株相比野生株，通過上調藥物外排泵調節子RamA表達，從而表現出對包括氨苄西林在內的多種抗生素耐受水平上升；結合文獻及課題組前期研究結果，推測可能rpoE缺失導致某些ncRNAs的表達降低，進而實現ramA基因的高表達。本項目擬利用鏈特異性高通量測序技術，分析傷寒沙門菌野生株在氨苄西林壓力下的轉錄組，參比同一菌株全基因組精細結構，確定其在氨苄西林壓力下的ncRNAs基因組；進而套用Oligo晶片和qRT-PCR技術，系統分析rpoE缺陷變異株在氨苄西林壓力下ncRNAs的表達變化；再利用基因敲除與回補等技術，進一步驗證氨苄西林壓力下傷寒沙門菌ncRNAs參與RpoE對ramA基因表達的負向調節作用。本研究將促進對傷寒沙門菌耐藥機制的認識。

結題摘要

RpoE是腸道菌在環境應激下啟動基因表達的重要Sigma因子，也可通過啟動非編碼RNA(ncRNA)表達進而負向調控靶基因。前期研究顯示傷寒沙門菌rpoE缺陷株相比野生株對包括氨苄西林在內的多種抗生素耐受水平上升，可能與ncRNA表達有關。本研究通過基因敲除、基因回補、高表達等技術，明確了RpoE通過負向調控藥物外排泵調節子RamA，正向調控外膜蛋白OmpF、OmpC的表達參與傷寒沙門菌耐受氨苄西林。證實了t2288（RamR）不是ramA的轉錄抑制因子，不影響ramA對氨苄西林抗生素的耐受，不參與ramA相關的耐藥機制調控。利用鏈特異性高通量測序技術，分析傷寒沙門菌野生株在氨苄西林壓力下的轉錄組，參比同一菌株全基因組精細結構，確定其在氨苄西林壓力下的ncRNAs基因組；並進一步利用測序及qRT-PCR技術，系統分析了rpoE缺陷變異株在氨苄西林壓力下ncRNAs的表達變化，篩選到受RpoE 調控的ncRNA36個，包括scaffold46_minus_1、scaffold8_minus_1、scaffold88_minus_1、 scaffold81_plus_1等。進一步利用qRT-PCR、Northern-blot等技術證實了RpoE通過對ncRNA scaffold46_minus_1的影響實現對ramA的負向調控。本研究對傷寒沙門菌在氨苄西林壓力下，關鍵調節因子發揮作用的機制進行了深入研究，明確了氨苄西林壓力下傷寒沙門菌ncRNA參與RpoE對ramA基因表達的負向調節作用。研究結果促進了對傷寒沙門菌耐藥機制的認識，也為研究其它腸道菌的耐藥機制提供了理論基礎，對臨床預防和治療耐藥菌株具有重要的參考價值。