榕城海關是受福州海關直接領導的副廳級機構。按授權負責福州市鼓樓區、台江區、倉山區、晉安區、福清市、閩侯縣、連江縣、羅源縣、閩清縣、永泰縣行政轄區，馬尾區（不含福州出口加工區等特殊監管區域）、長樂區行政轄區屬地及長樂區松下港口岸等轄區海關各類管理工作的執行機構。負責黨的基層組織建設和幹部隊伍建設；辦理具體海關業務，反饋執法作業結果；承辦上級交辦的其他工作事項。
內設處室：辦公室、綜合業務一處、綜合業務二處、口岸監通處、企業監管處、人事政工處。
派駐機構：駐郵局辦事處（正處級）、駐快安辦事處（正處級）、駐福清辦事處（正處級）、駐羅源灣辦事處（正處級）。
