梅州市微生物研究所是梅州市科技局直屬單位，從事梅州地區微生物種質資源的調查、收集和保護工作，並開展相關基礎性研究，建立完善梅州地區微生物種質資源庫。對農業微生物菌種進行引進、研究、試驗、示範、推廣，為梅州市社會經濟發展提供優質無償服務。
1、建立完善梅州地區微生物種質資源庫，負責農業各類微生物菌種的採集、引進、篩選、馴化、提純復壯、新菌株的選育工作。重點保藏可持續利用的具有經濟價值的微生物菌種。
2、對梅州地區食藥用菌產業狀況進行跟蹤調查研究，為發展我市食藥用菌產業的決策提供科學依據，承擔食藥用菌高產栽培技術研究、示範、推廣工作。深入基層，在各縣（市、區）建立食藥用菌栽培示範基地，輻射帶動農戶栽培食藥用菌。完善我市食藥用菌推廣服務體系，積極開展食藥用菌的深加工研究及產業化開發，為梅州地區食藥用菌的發展提供服務。
3、根據我市社會經濟發展的需要，積極從事微生物農藥、肥料的研發、推廣工作，在我市普及推廣最新的微生物農藥、肥料。
4、結合梅州實際，承擔相關部門及上一級研究機構下達的科技研究開發工作。
5、我所是南方地區根瘤菌劑研發生產基地，長期承擔紫雲英、柱花草根瘤菌劑的研發工作，每年為廣東地區及周邊省市提供優質根瘤菌菌種，積極為冬種綠肥、改造低產田提供服務。
