寡核苷酸純化柱（OPCs）含有能與疏水基團高親和性結合的樹脂，由於合成不完全的寡核苷酸不含二甲氧三苯甲基，因而可通過樹脂將其與全長寡核苷酸鏈分離。這種附著於寡核苷酸鏈上核苷酸的5'羥基的保護基團通常在常規合成過程中用TCA脫去。然而，如果DNA合成的最後一步省略了TCA循環，則由此合成的寡核苷酸的5'端會含有二甲氧三苯甲基。
