有的枇杷園地勢低洼，水位高，或是建立在不透水的丘陵紅壤地上，遇到陰雨連綿或大暴雨成災時，枇杷園就會積水成澇。枇杷樹根系淺，抗旱而不耐澇，積水一周就會使枇杷樹根部缺氧、腐爛而死亡。因此，低洼、地塊不平、易積水的枇杷園。應修好排水溝渠，並採用深溝高畦種植。
排水系統的設定主要有以下三種：
①明溝排水 明溝由總排水溝、乾溝和支溝組成，具有防止積水、降低地下水位等作用。但占地多，易倒塌淤塞和滋生雜草，造成排水不暢，而且養護維修較困難。
②暗溝排水 暗溝是在枇杷地下安設管道，將土壤中多餘的水分，由管道中排除。排水暗管也由乾管、支管和排水管組成。其優點是不占地，不影響機耕作業。其缺點是管道容易被沉澱泥砂和樹根等堵塞，而且成本高，投資多。
③防洪排澇 對丘陵山地枇杷園，應根據其不同的地域、地理特點，修築完善的防洪泄洪系統，以減少水土流失和防止因洪水沖刷而毀園。
