東莞市食品藥品檢驗所是在東莞市食品藥品監督管理局領導下，在本市範圍內實施國家對藥品檢驗的法定性專業機構，並承擔食品、藥品、化妝品等計畫抽驗、監督抽驗和強制抽驗任務，業務上受廣東省藥品檢驗所指導。
市所的前身東莞縣藥品檢驗所於1979年1月由東莞縣人民政府批准成立，1979年7月正式開展工作，1988年10月晉升為地市級藥品檢驗所。2002年上劃廣東省藥品監督管理局，屬省垂直管理。2010年根據新的機構調整，本所調整為東莞市參照公務員管理事業單位，更名為東莞市食品藥品檢驗所。
1991年通過廣東省技術監督局計量認證，1996年、2001年通過廣東省技術監督局計量認證換證。2004年4月，獲得中國實驗室國家認可委員會認可證書。2009年5月通過中國合格評定國家認可委員會實驗室認可複評審。2009年7月通過廣東省質量技術監督局實驗室資質認定複評審。
根據東機編[2010]128號檔案精神，市所設辦公室和六個專業技術檢驗室：中藥室、化學室、生物測定室、醫療器械室（包裝材料室）、食品室（保健食品室）、化妝品室。現有工作人員38人，其中技術人員28人，占總人數的87.5%；主任藥師1人，副主任藥師2人，主管藥師10人，藥師9人。
現有儀器設備250多台（套），總值人民幣1400多萬元，儀器設備的配備率按藥品標準技術指標的要求達90%以上，其準確度與被檢驗參數變化範圍相適應。並按食品、化妝品檢驗等新檢驗職能的需要不斷配備新檢驗設備，滿足不斷增長的檢驗需求。
實驗用房面積為3100m。實驗樓有無菌試驗室、微生物測定室、效價室、標本室，其餘為普通實驗室和辦公室。所有實驗室在布局、採光、通風、排污、淨化、恆溫、噪聲等方面均按實驗條件的要求設計建造，確保工作環境符合實驗需要。並與廣東省醫療器械質量監督檢驗所共建一座330m生物性能實驗室，含SPF級動物房和普通級動物房。
