東莞市水務工程建設運營中心是直屬市水務局管理的公益一類事業單位，負責配合業務主管部門開展全市水務工程項目建設相關的規劃編制、政策研究、評估論證等工作等。
其主要任務是：
（一）配合業務主管部門開展全市排水管網、城市雨水、污水管道等渠務管理、運營和維護工作，統籌市區排澇應急搶險工作，指導各鎮街防治內澇，指導、督促各鎮街編制排澇應急預案，貫徹落實業務主管部門的工作規劃，組織實施全市水務工程項目的建設和運營工作。
（二）配合業務主管部門開展全市水務工程項目建設相關的規劃編制、政策研究、評估論證等工作。
（三）落實全市水務工程項目建設投融資方案和資金管理工作，審核支付工程款和項目運營維護費用。
（四）組織開展由市政府牽頭建設的水務工程建設，配合主管部門開展工程驗收工作。
（五）組織開展全市水務工程設施建成後的運營和維護管理工作。
（六）組織開展全市水務工程項目建設相關的技術指導工作，吸收和推廣新技術、新產品和新型材料。
（七）組織協調全市水務工程建設單位、技術服務單位和項目運營單位開展專業化、規範化建設工作，組織評選、推薦和獎勵優秀全市水務工程項目。
（八）配合業務主管部門組織開展全市污水處理費徵收監管工作，指導和監督各鎮污水處理費的徵收業務。
