1889年12月,東京市參事會員渡邊洪基最早遞交了制定東京市章的提案。由於形似一隻從正上方看的烏龜,所以有時也被孩子們叫做“烏龜記號”。 現在使用的是1909年設計的都道府縣章,比千葉縣章早制定20年,是最古老的都道府縣章。但是,直到1943年11月8日,經過東京市、東京府的名稱交替,才正式確定原市章為東京都章。另外,東京都旗的制定是在1964年10月1日。
東京都旗的底色設計為江戶紫,變體的“日”“本”“東”“京”“市”五個漢字像太陽一樣向六個方向射出光芒,這代表著“日本的首都與中心”,並注入了對於東京發展的希望。