明清史、中國經濟史、中外關係史及華南區域史。主編《海洋史研究》(Studies of Maritime History, 輯刊),專著有《瀕海之地——南海貿易與中外關係史研究》(中華書局,2009年)、《明代海外貿易制度》(社會科學文獻出版社,2007年)、《海上絲綢之路》(中文版、英文版,五洲傳播出版社,2006年),合著《廣東通史》(古代上、下冊,副主編,廣東高等教育出版社,1996、2007年)、《廣東歷史人文資源調研報告》(副主編,社會科學文獻出版社,2008年)等,在國內外學術刊物發表論文80餘篇。
主持國家社科基金項目“17-18世紀華人南渡與越南社會”(2008年)、“明中後期開海貿易與制度調適”(2005年),中國博士後科學基金資助項目“明代海外貿易制度演變與東南沿海經濟社會變遷”(2004年),國家漢辦課題“‘南海Ⅰ號’與海上絲綢之路”(Nanhai Ⅰand the Maritime Silk Road,2010年);參與主持廣東省社科規劃重點項目“廣東通史”(古代上、下冊)、中共廣東省委下達重大項目“廣東歷史人文資源調研”等。此外參與“廣東百科全書”、“廣東省志”等重大項目研究。