李依明，2009年於上海交通大學獲生物醫學工程系學士，2010年獲海德堡大學醫學物理碩士，2015年獲卡爾斯魯厄理工學院博士學位（導師： Uli Nienhaus 教授）。之後獲得EMBL-瑪麗居里博士後獎學金，在歐洲分子生物學實驗室總部和耶魯大學任職博士後研究員和訪問學者（2016-2019）。現為南方科技大學生物醫學工程系助理教授，博士生導師。迄今，其以第一作者在Nature Methods，ACS Nano等國際期刊發表多篇論文。其開發的軟體獲得領域內挑戰賽的第一名，贏得了廣泛的聲譽和影響力。和包括來自EMBL，耶魯大學，牛津大學和劍橋大學等多個實驗室有合作關係。課題組的主要研究方向包括三維超高分辨顯微成像技術及其生物套用。
基本介紹
- 中文名：李依明
- 外文名：Yiming Li
- 國籍：中國
- 民族：漢
- 畢業院校：上海交通大學、海德堡大學、卡爾斯魯厄理工學院
- 職稱：教授
人物經歷,研究領域,學術成果,所獲榮譽,
人物經歷
教育背景
2010年-2015年 卡爾斯魯厄理工學院套用物理系 博士
2009年-2010年 海德堡大學-醫學物理碩士
2005年-2009年 上海交通大學-生物醫學工程 本科
工作經歷
2019.11 南方科技大學生物醫學工程系， 助理教授
2016年-2019年 歐洲分子生物實驗室海德堡總部，博士後
2016.02-2016.09 耶魯大學，訪問學者
研究領域
螢光顯微成像技術由於其具有非常高的分子特異性和非侵入式成像能力，已經成為細胞生物學裡最廣泛套用的技術。由於光的衍射，傳統的螢光顯微鏡的解析度極限大約是發射的螢光的波長的一半，只有250 nm左右。超分辨顯微成像（PALM/STORM）技術由於其為細胞分子生物學研究提供了一個全新的研究視窗，在2006年被提出之後的不到十年內，就於2014年獲得了諾貝爾獎。超分辨顯微成像技術已經使光學顯微的解析度推進到納米級別，這讓螢光顯微鏡來分析納米生物結構成為可能。大部分三維超分辨顯微技術的軸向分辨一般只有40-70 nm，此精度不足以分辨很多生物大分子，因為大部分分子機器的尺寸小於100 nm。我們的目標是對超分辨顯微成像技術從軟體，硬體和生物樣品製備方向開展前沿性研究，提高超分辨顯微鏡的實際解析度（至少達到三維各向10 nm以下）和多色成像功能，使其成為在單細胞里原位（in situ）做結構生物學的重要工具。我們的研究領域包括:
1. 三維超分辨顯微成像
2. 自適應光學
3. 生物醫學圖像處理
4. 光電聯合成像
學術成果
代表論文
1. Yiming Li, Elena Buglakova, Yongdeng Zhang, Jervis Thevathasan, Joerg Bewersdorf, Jonas Ries. Accurate 4Pi single-molecule localization using an experimental PSF model. Optics Letters, 2020, Accepted.
2. Jiayan Liao, et al., Helix shape power-dependent properties of single upconversion nanoparticles. J. Phys. Chem. Lett. 11, 2883-2890, (2020)
3.Yongdeng Zhang, et al., Nanoscale subcellular architecture revealed by multicolor 3D salvaged fluorescence imaging. Nature Methods, 17, 225-231, (2020).
4.Thevathasan, J. V. et al.Nuclear pores as versatile reference standards for quantitative superresolution microscopy. Nat. Methods 16, 1045–1053 (2019).
5.Yiming Li, Yu-Le Wu, Philipp Hoess, Markus Mund, and Jonas Ries. Depth-dependent PSF calibration and aberration correction for 3D single-molecule localization. Biomed. Opt. Express, 6, 2708-2718, (2019)
6. Yiming Li, Markus Mund, Philipp Hoess, Joran Deschamps, Ulf Matti, Bianca Nijmeijer,Vilma Jimenez Sabinina, Jan Ellenberg, Ingmar Schoen, Jonas Ries. Real-time 3D single-molecule localization using experimental point spread functions. Nat. Methods, 15, 367-369, (2018)
7.Yiming Li, Li Shang, G. Ulrich Nienhaus. Super-resolution imaging-based single particle tracking reveals dynamics of nanoparticle internalization by live cells. Nanoscale, 8, 7423-7429, (2016)
8.Yuji Ishitsuka, Natasha Savage, Yiming Li, Anna Bergs, Nathalie Grün, Daria Kohler, Rebecca Donnelly, G. Ulrich Nienhaus, Reinhard Fischer, Norio Takeshita. Superresolution microscopy reveals a dynamic picture of cell polarity maintenance during directional growth. Science Advances, 1, e1500947 (2016)
9.Yiming Li, Yuji Ishitsuka, Per Niklas Hedde, and G. Ulrich Nienhaus. Fast and efficient molecule detection in localization-based super-resolution microscopy by parallel adaptive histogram equalization. ACS Nano 7, 5207–5214 (2013)
10.Shuo Chen, Xiaorui Feng, Yiming Li, Chuanqing Zhou, Peng Xi, Qiushi Ren. Software Controlling algorithms for the system performance optimization of confocal laser scanning microscope. Biomed. Signal Process Control 3, 223-228 (2010)
所獲榮譽
· 2013年 International Symposium on Biomedical Imaging Travel Grant
· 2010-2013年 Karlsruhe school of optics and photonics fellowship
· 2016-2019 年 EIPOD-Marie Curie Postdoc Fellowship
