朱瑞新

朱瑞新，中國科學院上海有機化學研究所博士，現任同濟大學生命科學與技術學院教授、博士生導師，微生態與轉化醫學課題組組長

基本介紹

• 中文名：朱瑞新
• 畢業院校：中國科學院上海有機化學研究所
• 學位/學歷：博士
• 專業方向：宏基因組分析方法的發展
• 職務：微生態與轉化醫學課題組組長

研究領域

生物信息學

研究方向

（1）宏基因組分析方法的發展（方法學小組）；

（2）重大疾病（脂肪肝、炎性腸病和心衰）的病理研究及藥物開發（疾病微生物小組）；

（3）古菌與真核細胞功能起源（環境微生物小組）;

（4）中藥複方多靶點機制及最佳化研究（中藥現代化小組）

在研課題

朱瑞新博士所領導的團隊致力於生物信息驅動的宏基因組相關研究。尤其擅長於宏基因組相關算法開發以及微生物與宿主互作分析。此外，團隊還一直奮鬥在實現中藥現代化的偉大征途中，擅長於中藥複方多靶點機制及最佳化研究。在研課題有：

1. 宏基因組分析方法的發展（方法學小組）

（1） 因果分析及“關鍵菌種（Keystone species）”確定研究

開發基於因果分析的關鍵菌種確定方法，破除微生態紊亂所致疾病的治療瓶頸。

（2） 系統發育樹重構算法研究

最佳化目前系統發育樹重構算法，釐清當前物種進化的亂象。

2. 重大疾病（脂肪肝、炎性腸病和心衰）的病理研究及藥物開發（疾病微生物小組）

（1） 闡述脂肪肝、心血管和腸癌等重大疾病發病機制

從宿主、微生物及兩者相互作用三個層面系統研究重大疾病（脂肪肝、炎性腸病和心衰）的發病機制，為後續藥物研發確定靶標。

（2） 從深海代謝產物和中藥資源中開發相關的治療藥物

綜合運用虛擬篩選、有機合成和藥理測試開發重大疾病（脂肪肝、炎性腸病和心衰）治療和預防藥物或保健品。

3. 古菌與真核細胞功能起源（環境微生物小組）

（1） 真核細胞功能的進化途徑

整合系統發育樹和功能代謝分析，重現真核細胞複雜功能的演化史。

（2） 古菌新物種的確定及分類

建立規範的古菌物種分類方法，並據此鑑定得到更多的古菌新物種。

4. 中藥複方多靶點機制及最佳化研究（中藥現代化小組）

（1） 中藥複方多靶點、多機制的定量研究

開發“通路模組化算法”，實現了中藥複方多靶點多機制的規範研究。

（2） 中藥複方效應成分研究

發展“通路定量分析方法”，據此新方法開展複方及其效應成分機制的比較研究，實現中藥複方的最佳化。

人物經歷

朱瑞新博士現任同濟大學生命科學與技術學院教授、博士生導師和微生態與轉化醫學課題組組長。2001年畢業於蘭州大學化學化工學院，獲化學學士學位。2007年畢業於中國科學院上海有機化學研究所，獲計算機化學博士學位。2007-2008年在上海生物信息技術研究中心從事科研工作。2008年至今在同濟大學生命科學與技術學院從事教學和科研工作。2011年至今兼任遼寧中醫藥大學藥學院研究生導師。2017年至今任中國醫師協會中西醫結合醫師分會基礎與轉化醫學專業委員會常務委員和世界中聯中藥系統科學與工程專業委員會常務理事。2018年至今南方科技大學海洋科學與工程系訪問教授。2019年至今被聘為同濟大學附屬普陀人民醫院（籌）微生態與轉化醫學中心主任、特聘研究員。已發表SCI檢索論文73篇（截止2019年5月），其中以第一或通訊作者身份在包括Gut，J Pathol.，和J Chem InfModel等知名期刊發表SCI論文43篇。主編出版了國內“計算機輔助藥物設計”第一本本科生專業教材：《計算機輔助藥物設計：基本方法原理概要與實踐詳解》，朱瑞新編著，大連理工大學出版社，2011年，ISBN 978-7-5611-6104-3，任期刊Frontiers in Pharmacology（IF=4）副主編。

科研項目

1.2018-2021，國家自然科學基金（編號: 81774152），主持

2.2016-2019，上海市自然科學基金-探索類項目（編號:16ZR1449800），主持

3.2015-2016，中央高校基本科研業務費專項資金-跨學科交叉項目（編號:10247201546），主持

4.2013-2015，國家自然科學基金（編號:31200986），主持

5.2013-2014，中央高校基本科研業務費專項資金-英才計畫（編號:2000219083），主持

6.2010-2012，教育部高等學校博士學科點專項科研基金（編號:2010-0072120050），主持

7.2008-2009，同濟大學青年優秀人才培養行動計畫（編號:2008KJ073），主持

8.2007-2010，上海市自然科學基金項目（編號:07ZR14085），主持

9.2015-至今，各種橫向項目，主持

代表論文

1. Jiao, N., Baker, S.S., Chapa-Rodriguez, A., Liu, W., Nugent, C. A., Tsompana, M., Mastrandrea, L., Buck, M.J., Baker, R.D., Genco, R.J., Zhu, R.*, Zhu, L. （2018）. Suppressed Hepatic Bile Acid Signaling Despite Elevated Production of Primary and Secondary Bile Acids in NAFLD. Gut, 67（10）, 1881-1891.
2. Jiao, N., Baker, S. S., Nugent, C. A., Tsompana, M., Cai, L., Wang, Y., Buck, M. J., Genco, R. J., Baker, R.D., Zhu, R.*, Zhu, L.（2018）. Gut microbiome may contribute to insulin resistance and systemic inflammation in obese rodents: a meta-analysis. Physiological Genomics. APSselectaward
3. Yang, L., Tang, S., Baker, S.S., Arijs, I., Liu, W., Alkhouri, R., Lan, P., Baker, R.D., Tang, Z., Ji, G., Rutgeerts, P., Vermeire, S., Zhu, R.*, and Zhu, L. （2018）. Difference in pathomechanism between Crohn’s disease and ulcerative colitis revealed by colon transcriptome. Inflammatory Bowel Diseases,
4. Zhu, R., Baker, S. S., Moylan, C. A., Abdelmalek, M. F., Guy, C. D., Zamboni, F., ... & Zhu, L. （2016）. Systematic Transcriptome Analysis Reveals Elevated Expression of Alcohol Metabolizing Genes in NAFLD Livers.The Journal of Pathology, 238（4）: 531-542.
5. Qiu, T., Qiu, J.,Feng, J., Wu, D.,Yang, Y., Tang, K., Cao, Z., Zhu, R*.（2016）. The recent progress in proteochemometric modelling: focusing on target descriptors, cross-term descriptors and application scope.Briefings in Bioinformatics, bbw004.
6. Liu, L., Tsompana, M., Wang, Y., Wu, D., Zhu, L., Zhu, R*.（2016）. Connection Map for Compounds （CMC）: A Server for Combinatorial Drug Toxicity and Efficacy Analysis.Journal of Chemical Information and Modeling, 56（9）, 1615-1621.
7. Gao, J., Zhang, Q., Liu, M., Zhu, L., Wu, D., Cao, Z., Zhu, R*.（2016）. bSiteFinder, an improved protein-binding sites prediction server based on structural alignment: more accurate and less time-consuming.Journal of Cheminformatics,8（1）, 1-10.
8. Wu, D., Qiu, T., Zhang, Q., Kang, H., Yuan, S., Zhu, L., Zhu, R*. （2015）.Systematic toxicity mechanism analysis of proton pump inhibitors: an in silicostudy.Chemical Research in Toxicology, 16; 28（3）: 419 – 30.
9. Wu, D., Huang, Q., Zhang, Y., Zhang, Q., Liu, Q., Gao, J., Cao, Z., Zhu, R*.（2012）. Screening of selective histone deacetylase inhibitors by proteochemometric modeling.BMC Bioinformatics, 13, 212.
10. Dai, T., Liu, Q., Gao, J., Cao, Z., Zhu, R*.（2011）. A new protein-ligand binding sites prediction method based on the integration of protein sequence conservation information.BMC Bioinformatics, 12, S9.

獲得榮譽

1.2018年，同濟大學“優秀畢業設計指導教師”（生物信息專業唯一名額，再次蟬聯）。

2.2017年，同濟大學生命科學與技術學院“年度考核優秀科研工作者”。

3.2017年，同濟大學“優秀畢業設計指導教師”（生物信息專業唯一名額，再次蟬聯）。

4.2016年，同濟大學“優秀本科生教材二等獎”。

5.2016年，同濟大學“優秀畢業設計指導教師”（生物信息專業唯一名額，蟬聯）。

6.2015年，同濟大學生命科學與技術學院“先進工作者”。

7.2015年，同濟大學生命科學與技術學院“年度考核優秀教師”。

8.2015年，同濟大學年度考核被評為“校優”（排名第一）。

9.2015年，同濟大學“優秀畢業設計指導教師” （生物信息專業唯一名額）。

10.2012年，同濟大學“教學獎二等獎”。

11.2012年，同濟大學“優秀青年教師優青計畫” （英才計畫）。

12.2012年，同濟大學生命科學與技術學院首屆“教學貢獻獎二等獎”。

13.2010年，首屆同濟大學“優秀青年教師培育計畫” （英才計畫）。