審計線索對審計來說是極為重要的。在手工會計中，審計線索包括會計憑證、賬簿、報表等會計資料。這些資料都反映在書面上，審計人員利用這些資料就能夠從原始憑證開始，通過記帳憑證、帳簿追蹤到會計報表，或者對報表之間、報表與帳簿之間的會計數據的勾稽關係進行審查，通過這些可見的審計線索檢查證、帳、表數據所反映的經濟業務的合法性，通過每個會計人員手寫筆跡的不同，確定每一責任人完成業務的正確性。總之，在手工會計中，會計人員對經濟業務的詳細記錄都躍然紙上，審計人員所需的審計線索，都可以通過這些書面記錄加以審計。審計人員進行審計，完全可以根據需要進行順查、逆查或抽查。但是，在電算化會計中，計算機的使用改變了會計記錄的存儲與處理，表現在以下幾方面。
1.會計憑證的存儲與處理。原始憑證或記帳憑證一經輸入計算機，便以檔案的形式存入機內的數據檔案。並且原始憑證一旦轉換到機器可識別的輸入介質上，就不再在數據處理過程中使用；在某些系統中傳統的原始憑證可能由於採用直接採集數據的設備而不復存在（如在在線上實時處理系統中即如此）。
2.帳簿的存儲與處理。總分類帳為檔案所代替，而在主檔案中可能看不出計算匯總數據所依據的明細數據。明細分類帳採用滿頁列印方式，因而導致兩類數據之間的日常核對只能在機內進行。帳簿登錄時，通過計算機登帳程式自動執行，使用的是哪一種記帳程式難以判斷。
3.報表的編制採用按事先定義的公式到帳簿檔案，其它報表檔案中取數計算、數據來源、公式定義、編制結果、列印格式等均採用機內檔案的形式。由於磁性介質修改不留痕跡的特點，使審計人員很難相信列印輸出的會計報表正是根據企業單位提供的公式定義檔案加以編制的。假如有人在歪曲公式定義檔案之後編制失真的財務報表，然後對公式定義檔案復原，在這種情況下，審計人員便不能根據機內的公式定義檔案作出判斷，認為報表的編制是正確的。
以上種種情況表明，由於計算機採用磁性材料作為存儲介質，處理過程都在機內檔案之間進行，因而使審計人員難以像在手工操作環境下那樣對經濟業務進行追蹤審查。因此，電算化會計信息系統設計時要注意留下充分的審計線索，使審計人員在電算化條件下也能跟蹤審計線索順利地完成審計任務。在現階段，儘管財政部在有關會計電算化制度中規定，所有憑證、帳簿、報表仍然應當列印輸出，使審計人員在審計工作中增加了審計的線索，但應當看到的是，這些書面的記錄是否與會計軟體的正確處理結果同出一轍，尚有待於進一步的驗證。
