本部作品是《高斯奧特曼》的第三部劇場版，裡面講述的是宇宙法官德拉西翁預測到人類在2000年以後將會成為宇宙的危害，準備用毀滅重置武器“基加.恩多拉”重新改造人類。
本作還將有高斯與傑斯提斯的對決，傑斯提斯對地球會重新改變他的看法嗎。其中，劇中還會又高斯奧特曼的新形態“未來型”和新的奧特曼登場：“大宇宙的意志，雷傑多奧特曼。”
一天，宇宙開發中心的上空發現了來歷不明的太空船，一名神秘女子出現，中心繼而受到兩隻怪獸的襲擊。超人高斯及時出現，但怪獸極之頑強，高斯幾乎不敵，幸得春野武藏之助，二人融為一體後始威力大增，而正當怪獸快被擊退之際，另一個超人迪斯忽然出現，她竟然出手阻止高斯保護地球，最後竟令高斯及武藏死於怪獸之手。太空船的目的到底是什麼？
原來，神秘女子來地球竟是為了維持宇宙的秩序，而要把地球上所有生物全部消滅！為了自救，地球各國各盡辦法，但似乎，高斯的死已是提前判了死刑。地球即將毀於一旦，大家了無辦法，除非奇蹟出現…然而，武藏的親人和隊友都堅信高斯和武藏未死，他們四出奔走，希望奇蹟真的出現！……
原來，神秘女子來地球竟是為了維持宇宙的秩序，而要把地球上所有生物全部消滅！為了自救，地球各國各盡辦法，但似乎，高斯的死已是提前判了死刑。地球即將毀於一旦，大家了無辦法，除非奇蹟出現…然而，武藏的親人和隊友都堅信高斯和武藏未死，他們四出奔走，希望奇蹟真的出現！……
