曹洋，男，中國科學院生物物理研究所博士，四川大學生命科學學院副教授。
基本介紹
- 中文名：曹洋
- 國籍：中國
- 畢業院校：中國科學院生物物理研究所
- 學位/學歷：博士
- 專業方向：生物信息學
- 性別：男
- 職稱：副教授
- 研究方向：探索蛋白質的序列、結構、功能三者密切聯繫的奧秘
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人物經歷
2016-2017，美國密西根大學，生物信息學，訪學
2004-2010，中國科學院生物物理研究所，生物信息學，博士
2000-2004，西南交通大學，套用物理學，學士
2011-2014，四川大學，生命科學學院，講師
2014-今， 四川大學，生命科學學院，副教授
研究興趣
1）探索蛋白質的序列、結構、功能三者密切聯繫的奧秘
2）探索人工設計非天然蛋白質的方法，賦予其生物學特性
3）探索高效開發靶向藥物的計算方法
4）探索在生物數據海洋中挖掘信息的方法
研究成果
1）提出基於碰撞迴避的自適應疊代搜尋算法,編寫蛋白質結構預測軟體CISRR ，該工作被寫入為Springer出版社分子生物學叢書《Protein Structure Prediction》（第三版）。
2）提出基於Tolman length的溶劑模型和算法, 可廣泛用於疏水作用的分析研究。
3）提出耐藥突變預測算法，用於研究靶向藥物失效的分子機制。
4）建立藥物分子虛擬篩選計算平台，並在對AchE、MDM2、PB等多個重要蛋白抑制劑的研究中發現活性分子。
5）建立抗體計算分析平台，用於抗體改造和的人源化設計。
6）參與發展了一套以結構模板為基礎的蛋白質三維結構預測計算平台,在 2010 年國際蛋白質結構預測比賽 CASP9 比賽中, 取得了當時國內歷屆參賽小組的最好成績(小組排名第 9)。
主要論著
1. Cao Y*, Li L., Improved protein-ligand binding affinity prediction by using a curvature dependent surface area model, Bioinformatics, 30(12):1674-80. 2014
2. Huang L#, Cao Y#, Zhou J, Qin K, Zhu W, Zhu Y, Yang L, Wang D, Wei H*, Shu Y*., A conformational restriction in influenza A virus neuraminidase binding site by R152 caused the combinational effect of I222T with H274Y on oseltamivir resistance. Antimicrob Agents Chemother. 58(3), 1639-1645, 2014 (#co-first author)
3. Cao Y, Song L, Miao Z, Hu Y, Tian L, Jiang T*. Improved side-chain modeling by coupling clash-detection guided iterative search with rotamer relaxation. Bioinformatics. 27(6): 785-790. 2011
4. Cao Y, Koh X, Dong L, Du X, Wu A, Ding X, Deng H, Shu Y, Chen J, Jiang T*. Rapid Estimation of Binding Activity of Influenza Virus Hemagglutinin to Human and Avian Receptors. PLoS One. 6(4):e18664. 2011
5. Guo J#, Cao Y#, Qin K, Zhao X, Wang D, Li Z, Xin L, Shu Y, Zhou J. Limited effect of recombinant human mannose-binding lectin on the infection of novel influenza A (H7N9) virus in vitro. Biochem Biophys Res Commun. 458(1):77-81. 2015 (#co-first author)
6. Bu C, Peng B, Cao Y, Wang X, Chen Q, Li J, Shi G. Novel and selective acetylcholinesterase inhibitors for Tetranychus cinnabarinus (Acari: Tetranychidae).Insect Biochem Mol Biol. 66:129-35. 2015
7. Miao Z, Cao Y, Jiang T. "Modeling of protein side-chain conformations with RASP", Protein Structure Prediction, 3rd Edition (Methods in Molecular Biology), Edited by D. Kihara, ISBN: 978-1-4939-0365-8 (Print) 978-1-4939-0366-5 (Online). Springer, 2014
8. Larson AM, Wang H, Cao Y, Jiang T, Chen J, Klibanov AM*. Conjugating drug candidates to polymeric chains does not necessarily enhance anti-influenza activity. J Pharm Sci. 101(10): 3896-905. 2012
9. Miao Z, Cao Y, Jiang T*. RASP: rapid modeling of protein side chain conformations, Bioinformatics. 27(22): 3117-22. 2011
10. Hu Y, Dong X, Wu A, Cao Y, Tian L, Jiang T*. Incorporation of local structural preference potential improves fold recognition.PLoS One. 6(2): e17215. 2011
11. Zhao Y, Zhang Y, Cao Y, Qi J, Mao L, Xue Y, Gao F, Peng H, Wang X, Gao GF, Ma Y*. Structural analysis of alkaline β-Mannanase from alkaliphilic Bacillus sp. N16-5: implications for adaptation to alkaline conditions.PLoS One. 6(1): e14608. 2011
12. Du X, Wang Z, Wu A, Song L, Cao Y, Hang H, Jiang T. Networks of genomic co-occurrence capture characteristics of human influenza A (H3N2) evolution. Genome Research, 18(1): 178–187, 2008
