書院祭祀是指古代書院師生崇奉先師先賢的祭祀活動，為書院教育方式之一。西周學校已有祭祀。《周禮·春官宗伯》鄭玄註：“始入學，必釋菜禮先師也。” 漢唐以來，州縣學校都有祭祀先師孔子的定製。書院承官學亦建專祠，除祭孔外，並擴展其祭祀對象：（1）本院所尊崇的學術大師。宋朱熹創竹林精舍， 釋祭先 聖先師，以周、程、邵、司馬、豫章、延平七先生從祀。
明代書院， 屬姚江學派者祀王守仁，屬甘泉學派者祀陳獻章、湛若水。《明史·陳獻章傳》：“若水生平所至，必建書院以祀獻章。”清代阮元創建研習漢學的詁經精舍、學海堂，祭祀漢學家鄭玄、許慎。（2）有功於本院建設的先賢。嶽麓書院於明代立“六君子祠”，祭祀對創建、發展嶽麓書院有特殊貢獻的六個地方官吏和學者。白鹿洞書院創先賢祠，祀歷代有成就的洞主、山長和興復書院有功者。（3）本地的鄉賢、名宦、著名學者等。東林書院祭祀“七先生”，其中六人即無錫地區名儒。嶽麓書院有“船山祠”，祀湖南學者王夫之。以此對學生進行倫理道德、行為方式及治學態度等教育。明中葉後，書院成為科舉附庸，又建文昌閣、魁星樓等，以祭神祈求科舉及第。
