昭通市食品藥品監督管理局成立於2001年，原名昭通市藥品監督管理局；2013年機構改革，設立昭通市食品藥品監督管理局，為市人民政府工作部門，正處級。
加掛昭通市人民政府食品安全委員會辦公室牌子。
主要職責為：
（一）貫徹實施食品安全、藥品、醫療器械、化妝品監督管理的法律、法規和規章，參與起草規範性檔案並監督實施，推動建立落實食品藥品安全企業主體責任、地方各級人民政府負總責的機制。建立食品藥品重大信息直報制度，並組織實施和監督檢查，著力防範區域性、系統性食品藥品安全風險。
（二）負責食品行政許可、監督實施食品行政許可、食品安全監督管理和食品安全管理規範；承擔食品安全事故的調查處理；開展食品安全狀況調查和監測工作；通報食品安全監管有關的信息。
（三）負責保健食品、化妝品許可和監督管理；受上級委託承擔保健食品、化妝品審查和備案有關工作；負責監督實施保健食品標準、技術規範與化妝品衛生標準、技術規範。
（四）負責轄區內開辦藥品零售企業的審批，核發《藥品經營許可證》（零售）；承辦省局在新藥評審、藥品和醫療器械生產、經營許可證和製劑許可證核發中的相關工作。
（五）負責監督實施藥品和醫療器械的研究、生產、流通、使用及中藥材種植、醫療機構製劑、藥物非臨床研究、藥物臨床試驗的質量管理規範。
（六）組織開展對食品、化妝品、藥品、醫療器械監督抽樣；監督管理中藥材集貿市場。
（七）貫徹國家處方藥、非處方藥分類管理制度；負責建立藥品不良反應、醫療器械不良事件監測體系，並開展監測和報告工作。指導全市藥物濫用監測、藥物依賴防治康復工作；配合實施國家基本藥物制度；依法對直接接觸藥品的包裝材料和容器的使用進行監督管理。
（八）監督實施食品、藥品、醫療器械、化妝品監督管理的稽查制度，組織查處重大違法行為。依法處理有關食品藥品安全的諮詢、投訴、舉報。監督實施問題產品召回和處置制度。負責藥品、醫療器械、保健食品廣告的監測檢查，並按規定做好違法廣告的移送工作。
（九）負責食品藥品安全事故應急體系建設，組織和指導食品藥品安全事故應急處置和調查處理工作，監督事故查處落實情況。
（十）負責制定食品藥品安全科技發展規劃並組織實施，推動食品藥品檢驗檢測體系、電子監管追溯體系和信息化建設。
（十一）指導縣、區食品藥品監督管理工作，規範行政執法行為，完善行政執法與刑事司法銜接機制。負責開展食品藥品安全宣傳、教育培訓等，推進誠信體系建設。
（十二）承擔市食品安全委員會日常工作。負責食品安全監督管理綜合協調，推動健全協調聯動機制。督促檢查縣、區政府履行食品藥品安全監督管理職責並負責考核評價。
（十三）承擔昭通市人民政府以及昭通市人民政府食品安全委員會交辦的其他事項。
