明石藩就由家康的外孫小笠原忠真由信濃松本藩轉封至此並且獲得加封，成為十萬石譜代。小笠原忠真是的父親以及祖父均是在大阪戰役中身亡的。後來出現了加藤家改易細川家轉封熊本的一系列事件，明石的地理位置特殊，小笠原移封豐前小倉，接替他的又是從松本藩轉封過來的松平康直也就是戶田忠重的後代。
明石藩應該從播磨一國說起
我們知道關原合戰之後，池田輝正被封播磨一國52萬石大大名，又因輝正居正三位參議，所以又稱姬路宰相。後來三代藩主池田光正轉封鳥取藩，同時淺野家由和歌山轉封廣島，安芸廣島的福島改易，近畿地區的外樣大名一掃而空。那么整個播磨的領地就要重新分配了。
此後還有從美濃加納轉封過來的大久保忠職，以及丹波筱山的松平（藤井）忠國，松平信之，大和郡山牽過來的本多政利，每一個藩主都只有短短數代或者僅一代而終，直到親藩名門越前松平家的庶流松平直明以六萬石封至這裡才算穩定下來。明石的這一松平家源與結成秀康的六男松平(越前)直良，也是經過越前木本、越前勝山、越前大野最後封到明石的，第一代藩主是松平直良的三子直明。
第八代藩主是由將軍家斉的二十五子斉宜擔任的，這個時候加增了土產二萬石，由六萬升至八萬，享十萬石格。
幕末的時候末代藩主松平慶憲（一八四九～八四）任兵部大輔。維新後、受封子爵。他是標準的親幕府派了，第二次征長時候有派兵出征，後來更有三十名脫藩者加入了彰義隊。
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