昌吉州菸草專賣局（公司）於2000年6月15日正式上劃為自治區菸草專賣局（公司）直屬單位。接受昌吉州人民政府和自治區菸草專賣局（公司）的雙重管理。企業性質是政企合一，既具有行政管理職能，又承擔著捲菸經營任務。具體工作內容主要包括三個部分：行政許可、捲菸市場管理和捲菸行銷。
