根據自治區黨委辦公廳、自治區人民政府辦公廳《關於印發昌吉回族自治州人民政府機構改革方案的通知》（新黨廳字〔2011〕51號）和自治州黨委、自治州人民政府《關於自治州人民政府機構設定的通知》（昌州黨發〔2011〕47號）,設立昌吉回族自治州審計局（以下簡稱自治州審計局），是自治州人民政府負責審計工作的工作部門。
職責調整,主要職責,
職責調整
加強對經濟責任、關係國計民生的資源能源、環境保護和社會保障資金、財政資金使用效益的審計職責及審計決定的監督檢查。
主要職責
（一）主管全州審計工作。負責對全州財政收支和法律法規規定屬於審計監督範圍的財務收支的真實、合法和效益進行審計監督；對審計、專項審計調查和核查社會審計機構相關審計報告的結果承擔責任，並負有督促被審計單位整改的責任。
（二）貫徹執行國家、自治區審計工作方針、政策和法律。研究制定自治州審計工作發展規劃及年度審計計畫。對直接審計、調查和核查的事項依法進行審計評價，做出審計決定或提出審計建議。
（三）向自治州人民政府提出州本級預算執行和其他財政收支的審計結果報告；受自治州人民政府委託，向自治州人大常委會提出本級預算執行和其他財政收支情況的審計工作報告、審計發現問題的糾正和處理結果報告；向自治州政府報告對其他事項的審計和專項審計調查情況及結果；依法向社會公布審計結果；向自治州人民政府報告和向自治州有關部門通報審計情況和審計結果。
（四）直接審計下列事項，出具審計報告。在法定職權範圍內做出審計決定或向有關主管機關提出處理處罰的建議：
1、自治州本級預算執行情況、決算和其他財政收支；州直各部門（含直屬單位）預算執行情況、決算和其他財政財務收支。
2、縣市人民政府預算執行情況、決算和其他財政收支，自治州財政轉移支付資金情況。
3、使用自治州本級財政資金的事業單位和社會團體的財務收支。
4、自治州國有企業及國有資本控股或占主導地位企業的資金負債和損益。
5、自治州本級政府投資和以州本級政府投資為主的自治州建設項目的預算執行情況和決算。
6、自治州人民政府部門管理的和其他單位受自治州人民政府及其部門委託管理的社會保障資金、社會捐贈資金及其他有關基金、資金的財務收支。
7、國際組織和外國政府援助、貸款項目的財務收支。
8、法律法規規定應由自治州審計局審計的其他事項。
（五）組織實施對國家財經法律、法規、規章、政策和區域巨觀經濟調控措施執行情況、財政預算管理或國有資產管理使用等與自治州財政收支有關的特定事項進行專項審計調查。
（六）依法檢查審計決定執行情況，督促糾正和處理審計發現的問題，依法辦理被審計單位對審計決定提請行政複議、行政訴訟或自治州政府裁決中的有關事項；協助配合有關部門查處相關重大案件。
（七）按照有關規定，對自治州國家機關和依法屬於審計機關審計監督對象的其他單位主要負責人，在任職期間對本地區、本部門或本單位的財政收支、財務收支以及有關經濟活動應負經濟責任的履行情況，進行審計監督。
（八）指導和監督內部審計工作,核查社會審計機構對依法屬於審計監督對象的單位出具的相關審計報告。承擔上級審計機關授權的審計事項；組織全州審計專業培訓。
（九）與縣市人民政府共同領導縣市審計機關；依法領導和監督縣市審計機關的業務，組織自治州各級審計機關實施特定項目的專項審計或審計調查，糾正或責成糾正縣市審計機關違反國家規定做出的審計決定。按照幹部管理許可權協管縣市審計機關負責人。
（十）指導和推廣信息技術在全州審計領域的套用，組織推進自治州審計信息化建設。
（十一）承辦自治州人民政府交辦的其他事項。
