昌吉回族自治州人民政府外事僑務辦公室是昌吉州人民政府組成部門。
一、綜合科：協助辦領導協調、處理日常政務；負責機關日常會務、會議的組織及文秘、機要、保密、檔案、信息、督查、信訪、史志編纂工作；負責財務、人事、車輛、機關後勤服務、固定資產管理及政府採購工作；負責內賓接待和外事僑務系統的聯絡工作；負責安排自治州領導人的外事活動；負責自治州外事僑務系統幹部的培訓工作。
二、外事科：草擬自治州有關因公出國的規定和辦法；負責管理和指導全州因公出國、赴港、澳人員審核、審批申報業務及其護照、簽證、出國（境）通行證及簽注的辦理工作；負責護照的收繳和管理工作；承辦外國人來訪的邀請業務；負責對因公出國人員的出國前的教育，了解出國團組和人員在國外活動情況，進行出國效益評估；會同有關部門協同查處出國工作中的違法違紀案件和重大涉外事項；負責全州外國專家、留學生、實習生和“三資”企業中外籍人員的涉外事項；會同有關部門做好對外國人的管理；協同有關部門做好國外智力引進和出國培訓工作；負責自治州對外友好協會的日常工作；負責接待來自治州訪問的國賓及其他重要外賓；協助相關部門對外國記者和港澳台記者、華僑華人記者的管理接待；負責並協同有關部門做好全州對外宣傳和民眾性外事教育工作，協同審核全州重要涉外報導稿件；負責境外非政府組織在昌吉州活動及民間組織參加國際非政府組織活動的管理工作。
三、僑務科：負責歸僑僑眷身份及同華僑、歸僑有長期撫養關係的其他親屬其僑眷身份的審核認定；負責全州僑情普查、調研工作；負責檢查《歸僑僑眷權益保護法》的貫徹實施情況，會同有關部門依法保護歸僑僑眷的合法權益；負責組織制定僑務扶貧規劃並督促實施；做好接受華僑、華人、港澳台同胞的捐贈工作；承辦僑務引進工作的牽線搭橋及信息諮詢的具體事宜；負責指導興辦僑資、僑屬企業;負責國外僑務工作，開展對華僑、華人、港澳台同胞的聯絡、接待、管理、服務工作；承辦“三僑考生”的招生事宜及華僑、華人在國內親屬和歸僑、僑眷子女自費出國留學人員身份審核工作；承辦華僑、華人、港澳台同胞及歸僑、僑眷來信來訪的接待處理工作；協助自治州僑聯的日常工作。
四、口岸科：負責口岸開放和關閉的審查、報批工作；負責口岸規劃建設和技術配套工作的組織實施；負責協調進出口各項工作；督促檢查檢驗單位的查驗工作，仲裁處理口岸各查驗單位協調不一的問題；負責對口岸各經營、經貿單位進行管理；組織口岸的集、疏、運工作；負責口岸進出口貨物及車輛、人員出入境基本情況的統計工作；負責對口岸各單位進行涉外政策、外事紀律的宣傳教育，會同有關部門對口岸涉外事務和違反外事紀律的情況進行檢查和處理；負責處理自治州口岸領導小組辦公室和烏拉斯台口岸管理委員會的日常業務工作。
五、邊防科：負責中蒙邊界昌吉段國界的勘界聯檢工作及界標界務的日常管理事務；負責鄰國情況調研以及邊界涉外事務處理工作；負責或會同有關部門做好邊防基礎設施建設的規劃，組織實施邊防基礎設施建設，維護管理已建設施；指導並協助做好邊防會談會晤工作；協調組織開展軍、警、兵（兵團）、民聯防工作；會同和協助有關部門做好邊境管理工作，對突出問題進行專項整治；承辦自治州邊防委員會辦公室的日常事務。
