這時太監瞿密等勾結外藩弄權受賄,方子深3次上疏,請求加以制裁,沒有批覆。遂又列舉漢、唐兩代的
曹節、
楊復恭竊權誤國的故事作比,太祖感悟,對瞿密等作了處分。有人為他擔憂,方子深道:“做臣子的應死於忠,做兒子的應死於孝。害怕自己送命而討好權奸,希求富貴,這是商賈謀利的行為,我難道也這樣做?”由於權奸勢力盤根錯節,方子深被藉故彈劾,下獄,處死。寧海
方孝孺寫了《果庵傳》為之昭雪,其中說:“國初俊彥群興,惟先生不避刀鋸,屹然敢言,抑奸排偽,不少姑息。試方之東漢
三君(按:指漢末
黨錮之禍中犧牲的
竇武、
陳蕃、
劉淑),殆相上下不遠矣。”遺著有《葺巢集》,在變故中散失。