新疆維吾爾自治區中藥民族藥研究所是1986年經國家科委和自治區人民政府批准成立的社會公益類科研機構,先後隸屬於新疆維吾爾自治區醫藥管理局、新疆藥業(集團)有限責任公司、國藥集團新疆公司,2011年劃歸新疆維吾爾自治區衛生廳管理。機構為縣(處)級社會公益類全額撥款事業單位。