新疆水文水資源工程技術研究中心依託新疆農業大學水利與土木工程學院，2011年經新疆維吾爾自治區科技廳批准組建，2015年12月通過驗收正式掛牌運行。
新疆水文水資源工程技術研究中心緊密結合乾旱區農業生產實際，以植物-土壤-大氣相互作用過程為理論基礎，針對不同農田灌溉技術對河流泥沙粒徑以及排沙耗水量的利用、乾旱區土壤鹽鹼地開發利用、土壤次生鹽鹼化防治等問題，開展土壤次生鹽鹼化防治技術與方法的研究、水沙分離技術和新型排沙防沙技術研究，提高水文學及水資源和水利水電工程學科群的科研能力，為乾旱區水土資源的可持續利用以及現代高新節水發揮更大效用提供理論指導和技術支撐，實現自治區經濟、社會、水資源生態開發的協調發展。
