文昌湖赤眼鱒國家級水產種質資源保護區總面積620公頃，其中核心區面積220公頃，實驗區面積400公頃。特別保護期為每年的5月1日至6月1日。保護區位於山東省淄博市文昌湖區文昌湖區域，地理坐標範圍在東經117°50′57″～117°52′44″，北緯36°40′26″～36°42′47″之間。核心區從西岔村到東商，地理範圍在東經117°50′57″～117°52′16″，北緯36°40′26″～36°41′27″之間，是由以下拐點坐標沿湖圍成的區域，拐點坐標依次為：（117°51′36″E，36°41′27″N；117°51′13″E，36°41′25″N；117°51′04″E，36°41′20″N；117°50′57″E，36°41′08″N；117°51′17″E，36°41′01″N；117°51′25″E，36°41′11″N；117°51′56″E，36°40′26″N；117°52′02″E，36°40′35″N；117°52′00″E，36°41′09″N；117°52′16″E，36°41′25″N）。實驗區從萌東電灌站到西岔村，地理範圍在東經117°51′44″～117°52′44″，北緯36°41′25″～36°42′47″之間，是由以下拐點坐標圍成的區域，拐點坐標依次為：（117°52′10″E，36°42′47″N；117°51′44″E，36°42′01″N；117°51′36″E，36°41′27″N；117°52′16″E，36°41′25″N；117°52′13″E，36°41′45″N；117°52′44″E，36°42′44″N）。主要保護對象為赤眼鱒，其他保護對象包括鯉魚、草魚、青蝦、鯽魚等物種。
