故黃河碭山段黃河鯉國家級水產種質資源保護區總面積1340公頃，其中核心區面積285公頃，實驗區面積1055公頃。特別保護期為每年4月1日～6月30日。保護區位於安徽省碭山縣故黃河碭山段水域及沿岸灘涂，西起碭山縣故黃河上游三省交界處，東至故黃河下游碭山縣與蕭縣交界處，全長45公里，地理範圍在東經116°13′24″～116°34′46″，北緯34°27′58″～34°33′31″之間。保護區上游起點兩側坐標為(116°13′25″E,34°33′31″N；116°13′24″E，34°33′27″N），下游終點兩側坐標為（116°34′46″E，34°29′52″N；116°34′43″E，34°29′42″N）。核心區長11km，由2個區域組成，西區起點河段兩側坐標為（116°16′08″E，34°33′24″N；116°16′06″E，34°33′11″N），終點河段兩側坐標為（116°17′39″E，34°32′31″N；116°17′29″E，34°32′14″N）；東區起點河段兩側坐標為（116°33′44″E，34°29′48″N；116°33′52″E，34°29′45″N），終點河段兩側坐標為（116°34′46″E，34°29′52″N；116°34′43″E，34°29′42″N）。實驗區長34公里，由2個區域組成，西區起點河段兩側坐標為(116°13′25″E,34°33′31″N；116°13′24″E，34°33′27″N），終點河段兩側坐標為（116°16′08″E，34°33′24″N；116°16′06″E，34°33′11″N）；東區起點河段兩側坐標為（116°17′39″E，34°32′31″N；116°17′29″E，34°32′14″N），終點河段兩側坐標為（116°33′44″E，34°29′48″N；116°33′52″E，34°29′45″N）。主要保護對象為黃河鯉，其他保護物種包括黃顙魚、烏鱧、黃鱔、青蝦等。
