《放線菌門核糖體進化與系統分類學研究》是職曉陽為項目負責人，雲南大學為依託單位的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名：放線菌門核糖體進化與系統分類學研究
- 項目類別：青年科學基金項目
- 項目負責人：職曉陽
- 依託單位：雲南大學
項目摘要,結題摘要,
項目摘要
本項目圍繞放線菌系統分類學中類群之間的進化關係以及基因組的系統發育等關鍵科學問題，利用目前已完成全基因組測序的放線菌基因組信息，通過系統演化基因組學的相關研究方法，對放線菌核糖體組件的系統發育進行全面的分析。嘗試通過探索核糖體的演變來揭示放線菌基因組的系統進化，進而對目前放線菌的分類系統加以完善或補充。分析各核糖體蛋白在放線菌中的系統發育與rRNA分子進化的關係，以及這些蛋白質之間的關係，找到適合於放線菌系統分類的新的標記分子。本研究項目的開展將對目前放線菌系統分類學的發展起到重要的推動作用。
結題摘要
本項目圍繞放線菌系統分類學中類群之間的進化關係以及基因組的系統發育等科學問題，利用當前已完成基因組測序的放線菌基因組信息，通過系統演化基因組學的相關研究方法，對放線菌核糖體組件的系統發育進行全面的分析。執行過程中，項目組認識到生物信息學計算方法的廣泛適用性，項目組將研究對象擴展到整個原核微生物，並取得以下主要成果：1.成功建立了基於隱馬爾可夫模型的，從基因組資料庫掃描並獲取目標蛋白序列的生物信息學方法；2.建立了假陽性序列的排除方法；3.建立了用於深度系統發育分析的大序列數據集合的縮減方法；4.針對原核微生物完整的獲得了52個核糖體組件的蛋白質序列，並對它們進行深入的系統發育分析；5. 利用多元統計中的排序方法，對核糖體組件間的系統發育歷史相似程度進行比較分析，同時比較了它們於rRNA基因分子進化的差異程度；6. 結合序列長度以及進化分支長度等因素，綜合評價了它們作為新的系統分類標記分子的可能性，最終確定四個核糖體蛋白可作為新的候選標記分子。目前針對較大分類群的系統發育基因組學研究，以及多基因位點分析等方法所使用的看家基因多集中在核糖體組件上。本項目首次系統的對核糖體蛋白在整個原核生物中的進化歷史進行了全面的剖析，發現部分蛋白的進化歷史存在不一致性。本項目充分利用基因組信息和生物信息技術手段對原核微生物的核糖體蛋白基因進行了全面的研究，為分子分類學研究提供了更多的素材和研究對象，具有重要的學術理論價值。
