車站構造
拜島車站是一全站皆位於地面上的平面車站，配置有側式與島式月台共四座，七條乘車線。雖然車站本身位於
東京都昭島市內，但1～3號月台的實際位置卻跨越了市界，位於隔鄰的
福生市境內，因此站北側的出口也都是面對著福生市。
站內設有綠視窗與指定席券販賣機（指定席券売機）等設施，終年有站務員駐站。
貨物車站
拜島車站站區內也設有JR貨物的貨運車站，並且是
專用鐵路的分歧、發車站。在拜島車站有一條延伸至
駐日美軍橫田空軍基地、采單線非電氣化配置的專用路線，直到1970年左右這條專運線還一直擔負著基地所需各種物資的輸送任務，但目前則只專用於
石油的輸送，每周會有數班石油輸送列車自
東京灣岸邊的鶴見貯油設施通過專用線接到鶴見線上的安善車站之後，經拜島車站駛至橫田基地。比較特殊的是，通往橫田基地的側線實際上是由位於拜島車站最北側的西武拜島線之路線分岔而出的，但列車卻是由JR所屬的路線上，經過多次轉轍之後才轉至通往橫田基地的支線。
