拓撲性質(topological matrix)是指那些所有與某圖形拓撲等價的圖形所具有的性質。 具有拓撲性質的圖形的矩陣表示。利用拓撲矩陣,通過任何數學變換所得到的分子所有性質(本徵值、函式、電荷密度等)必然是拓撲相關的。