不同的終止子的作用也有強弱之分，有的終止子幾乎能完全停止轉錄；有的則只是部分終止轉錄，一部分RNA聚合酶能越過這類終止序列繼續沿DNA移動並轉錄。如果一串結構基因群中間有這種弱終止子的存在，則前後轉錄產物的量會有所不同，這也是終止子調節基因群中不同基因表達產物比例的一種方式。有的蛋白因子能作用於終止序列，減弱或取消終止子的作用，稱為抗終止作用(antitermination)，這種蛋白因子就稱為抗終止因子(antiterminator)。
