應付工程款審計是指對建設施工單位按照工程價款結算辦法和工程契約的有關規定，應付給建設施工企業已完工程價款計算準確性的審計。審計的程式，首先是審閱工程契約，並審查工程價款結算的方式是否合理。然後根據施工企業提出的“工程價款結算帳單”所列“本期應收工程款”數額與實際支付的款項核對。核查雙方計算口徑是否一致，款項是否一致，從工程價款中抵扣的預付備料款、預付工程款計算是否準確。
