微軟認證系統工程師 (英語:Microsoft Certified Systems Engineer,簡稱:MCSE)是微軟認證中的高階認證之一,代表持有認證的專業人員,對微軟的伺服器,網路技術,系統管理的建置,管理,部署以及維護等工作具有相當的經驗與知識,適合網路工程師,系統管理員,系統工程師或網路管理師等職務,在早期與 MCSD 並列微軟的兩大高階認證,最早的版本是 Windows NT 3.51,接著在每個 Windows Server 的版本更新,就會更新 MCSE 的認證要求,早期的 MCSE 都要考一科網路知識的必考科目 Exam 70-058: Networking Essentials,一直到 Windows 2000 才納入 Server 的考試中。