中國科學院微生物研究所於1958 年12 月3日由中國科學院套用真菌研究所和北京微生物研究室合併成立。半個多世紀以來, 研究所已發展成為我國微生物學研究領域中學科齊全、水平最高的國家級研究機構。現有在職職工人數430餘人, 其中中國科學院院士6 人；在學研究生370人，在站博士後50人及部分客座人員。
中國科學院微生物研究所以第一任所長戴芳瀾院士以及鄧叔群院士、閻遜初院士為代表的老一輩科學家, 是我國真菌學、放線菌分類學的創始人和奠基人,他們的研究成果和經典著作至今仍在微生物學界具有很高的權威性; 以方心芳院士為代表的老一輩工業微生物學家為我國微生物發酵產業作出了奠基性貢獻。多年來, 我所科學家在植物病毒、醫學與動物病毒以及免疫學研究方面在國際國內做出了自己的特色, 頗有造詣。
中國科學院微生物研究所根據發展戰略和長遠目標, 確定了以微生物資源、微生物生物技術、病原微生物與免疫為主要研究領域，旨在建立從微生物資源開發、功能改造、技術創新到成果轉化的自主研發體系，創建世界一流的微生物學研究中心和微生物生物技術研發基地，為建設創新型國家、推動國民經濟和社會可持續發展做出基礎性、戰略性和前瞻性貢獻。
微生物國際研發中心設有微生物資源前期開發國家重點實驗室、植物基因組學國家重點實驗室( 與遺傳與發育生物學研究所共建)、中國科學院真菌地衣系統學重點實驗室、中國科學院病原微生物與免疫學重點實驗室和工業微生物與生物技術研究室。擁有亞洲最大的含48萬號標本的菌物標本館和國內最大的含3.7萬多株菌種的微生物菌種保藏中心，建有微生物菌種與細胞保藏中心、微生物資源信息管理平台、大型儀器中心和生物安全三級實驗室等技術支撐平台，擁有藏書（刊）6萬餘冊的專業性圖書館。
中國科學院微生物研究所以第一任所長戴芳瀾院士以及鄧叔群院士、閻遜初院士為代表的老一輩科學家, 是我國真菌學、放線菌分類學的創始人和奠基人,他們的研究成果和經典著作至今仍在微生物學界具有很高的權威性; 以方心芳院士為代表的老一輩工業微生物學家為我國微生物發酵產業作出了奠基性貢獻。多年來, 我所科學家在植物病毒、醫學與動物病毒以及免疫學研究方面在國際國內做出了自己的特色, 頗有造詣。
中國科學院微生物研究所根據發展戰略和長遠目標, 確定了以微生物資源、微生物生物技術、病原微生物與免疫為主要研究領域，旨在建立從微生物資源開發、功能改造、技術創新到成果轉化的自主研發體系，創建世界一流的微生物學研究中心和微生物生物技術研發基地，為建設創新型國家、推動國民經濟和社會可持續發展做出基礎性、戰略性和前瞻性貢獻。
微生物國際研發中心設有微生物資源前期開發國家重點實驗室、植物基因組學國家重點實驗室( 與遺傳與發育生物學研究所共建)、中國科學院真菌地衣系統學重點實驗室、中國科學院病原微生物與免疫學重點實驗室和工業微生物與生物技術研究室。擁有亞洲最大的含48萬號標本的菌物標本館和國內最大的含3.7萬多株菌種的微生物菌種保藏中心，建有微生物菌種與細胞保藏中心、微生物資源信息管理平台、大型儀器中心和生物安全三級實驗室等技術支撐平台，擁有藏書（刊）6萬餘冊的專業性圖書館。
