復旦大學中西醫結合研究院是復旦大學下屬科研單位，2016年9月24日成立。
為進一步推進上海市高峰學科建設，繼續鞏固我校中西醫結合學科在國內乃至國際相關學術界的領先地位，擴大我校中西醫結合學科的影響力，2016年9月24日，“復旦大學中西醫結合研究院”（以下簡稱“研究院”）宣告成立，成立大會暨首屆學科學術交流會在附屬華山醫院舉行。國家中醫藥管理局、中國中西醫結合學會、上海市及學校有關部門負責人參加成立大會。
會上，副校長金力宣讀了研究院成立批文，副校長、上海醫學院院長桂永浩和華山醫院院長丁強為研究院揭牌。顧玉東、蘇國輝、陳士林、饒子和、金力、潘建偉、陳凱先、沈自尹8位院士受邀作學術報告。
著名中西醫結合專家、中國科學院院士沈自尹擔任研究院名譽院長，華山醫院中西醫結合科主任董競成教授等擔任研究院負責人。研究院現有專職和兼職科研人員200餘人，包括一批在國內外享有較高學術聲譽的中西醫結合專家。研究院設有7個二級研究所，擁有中醫肺科、腫瘤科、神經科、婦產科、兒科、老年病科等6個國家級重點臨床專科。
研究院成立後，將以中西醫結合基礎理論及其套用、中西醫結合治療重大及疑難疾病研究、中西醫結合針刺效應機制研究、中藥新藥開發以及中國傳統醫學整體架構研究等為主要研究方向。同時，順應時代發展要求，積極打造世界一流中西醫結合醫學、整合醫學醫教研基地，由研究院牽頭，聯合四川大學華西醫院、中南大學湘雅醫學院、首都醫科大學、華中科技大學附屬同濟醫院、大連醫科大學、蘭州大學、河北醫科大學、新疆醫科大學、青海大學、滇西套用技術大學、南京醫科大學、廈門大學和暨南大學等高校的中西醫結合團隊，在國內率先組建“研究型大學中西醫結合團隊聯盟”。該聯盟將秉承“優勢互補、資源共享、互利互惠、共同發展”的宗旨，有效整合全國範圍內的中西醫結合醫學、整合醫學相關資源，在醫療、教育、科研、人才培養等多方面開展深入合作，共同推進我國中西醫結合醫學、整合醫學的發展。
據研究院有關專家介紹，中西醫結合是運用現代醫學的思想、方法和技術等，對傳統醫學進行研究和發展。我校是國內最早開展中西醫結合研究的單位之一，原上海醫科大學中西醫結合研究所創始於1985年，是我國首批中西醫結合基礎和臨床學科碩士點、博士點。同時，我校也是我國最早設立中西醫結合專業博士後流動站的單位之一，是我國最早擁有中國科學院院士（中西醫結合學科）的單位之一。
