張延曉，浙江溫州人。北京大學本科畢業，密西根大學統計學碩士、生物信息學博士。現為西湖大學生命科學學院任特聘研究員，計算與功能基因組學實驗室負責人。
基本介紹
- 中文名：張延曉
- 外文名：Yanxiao Zhang
- 畢業院校：北京大學、密西根大學
- 職稱：研究員
人物經歷,研究方向,代表論文,
人物經歷
2010年畢業於北京大學生命科學學院並獲得學士學位；
2016年獲得密西根大學生物信息學博士（導師Dr. Maureen Sartor）和統計學碩士；
2016年開始在路德維格癌症研究所（加州大學聖地亞哥分部）從事博士後研究（導師任兵），參與編制哺乳動物胚胎髮育的表觀遺傳圖譜（ENCODE）和三維基因組變化。曾獲美國NIH Pathway-to-Independence K99/R00基金資助；
現加入西湖大學生命科學學院任特聘研究員。
研究方向
每個人，甚至已知的每個生命體，都將經歷不可逆的衰老過程並最終死亡。而作為遺傳物質的DNA則因為生殖發育中的重編程而得以在新的生命體中延續。有趣的是，當體細胞因為突變而重編程為癌症細胞時，卻可以無限的繁殖和傳代，表明細胞層面可能具備“永生”的潛力（雖然這與個體的生存背道而馳）。這些潛力被包括DNA甲基化，組蛋白修飾，非編碼RNA在內的表觀遺傳機制所調控。
衰老和癌症有許多聯繫，也都是複雜的生物學體系。隨著系統生物學的快速發展，特別是基因組學，計算生物學技術的成熟，為研究這些複雜系統提供了更全息的景象。張延曉實驗室將致力於利用功能基因組學和計算生物學的工具來探究衰老和癌症的奧秘。特別是在表觀遺傳學方面，課題組將著眼於異染色質（轉錄抑制區域），重複序列和轉座子的異常激活對於癌症和衰老的影響；而這些區域因為技術的難題往往被科學家們丟棄，被戲稱為基因組的“黑洞”。同時本實驗室也密切關注各類前沿實驗技術（包括但不限於單細胞多組學測序，三維基因組學，CRISPR基因編輯等等）和生物信息學分析方法的開發和套用。
代表論文
*These authors contribute equally
(1) Gorkin D*, Barozzi I*, Zhao Y*, Zhang Y*, Huang H*,..., (35 authors), ...,Visel A, Pennacchio LA, Ren B. “An atlas of dynamic chromatin landscapes in the developing mouse fetus”, Nature, 2020
(2) Zhang Y*, Li T*, Preissl S*, Amaral ML, Grinstein, JD, Farah, EN, Destici E, Qiu Y, Hu R, Lee AY, Chee S, Ma K, Ye Z, Zhu Q, Huang H, Fang R, Yu L, Izpisua Belmonte JC, Evans SM, Chi NC, Ren B. “Transcriptionally active HERV-H retrotransposons demarcate topologically associating domains in human pluripotent stem cells” Nature Genetics, 2019
(3) Zhang Y, Koneva LA, Virani S, Arthur AE, Virani A, Hall PB, Warden CD, Carey TE, Chepeha DB, McHugh JB, Wolf GT, Rozek LS, Sartor MA. “Subtypes of HPV-positive head and neck cancers are associated with HPV characteristics, copy number alterations, PIK3CA mutation, and pathway signatures.”, Clinical Cancer Research, 2016
(4) Zhang Y*, Lin YH*, Johnson TD, Rozek LS, Sartor MA. “PePr: a peak-calling prioritization pipeline to identify consistent or differential peaks from replicated ChIP-Seq data.” Bioinformatics, 2014
