廖明幟，男，1983年生，教授/博導。中國計算機學會生物信息學專業組委員。
廖明幟的研究領域為
生物數據大爆炸的時代，帶給研究人員新的發展機遇的同時也帶來了數據處理與分析方面的巨大挑戰。為此，我們研究團隊開展多組學“生物大數據”的信息挖掘工作，主要是利用數學、計算機等理論、工具開展計算系統生物學研究，構建專業資料庫平台、開發生物算法軟體，挖掘生物大數據背後的潛在信息（包括文本數據、基因組、轉錄組、蛋白質組、表觀基因組、暴露組以及它們相互之間的複雜互動過程），實現從“大數據”到“大信息”的轉變，以其發現生物學新現象、新標記、新規律。
我們目前關注動物生殖發育與生物信息學的交叉前沿研究方向，包括：（1）基礎生物學研究：動物生殖發育的分子機理，幹細胞乾性維持及分化機理；（2）套用基礎生物學研究：生殖遺傳學、動物基因組選擇育種等；（3）數理基礎和套用研究：人工智慧算法與生物大數據。
基本介紹
- 中文名：廖明幟
- 國籍：中國
- 民族：漢族
- 出生地：廣西
- 出生日期：1983年
- 畢業院校：哈爾濱醫科大學
- 學位/學歷：博士
- 職業：教師
- 專業方向：動物生殖發育的分子機理
- 任職院校：西北農林科技大學
- 性別：男
人物經歷,學習經歷,工作經歷,主要成就,科研成就,榮譽表彰,社會任職,
人物經歷
學習經歷
2002年-2006年，本科，西北大學數學系
2002年-2011年，博士，哈爾濱醫科大學生物信息學院
工作經歷
2011年-至今，工作，西北農林科技大學生命學院
2017年-2018年，訪問學者，美國加州大學聖地亞哥分校（University of California, San Diego）
主要成就
科研成就
科研綜述
近年來發表SCI論文50多篇，論文發表在Briefings in Bioinformatics、Bioinformatics、BMC Bioinformatics、Database(Oxford)、Genomics、Gene等生物信息學類期刊以及Journal of Biological Chemistry、Cell Death & Disease、Cell Cycle、Authophagy、Reproduction、Zoological Research等生物類國際知名雜誌，其中通訊作者身份論文中單篇影響因子最高8.99，H-index指數22。
論文發表
“Super-enhancers conserved within placental mammals maintain stem cell pluripotency”（DOI number 10.1073/pnas.2204716119）
1 Li, H., Hou, J., Chen, Z., Zeng, J., Ni, Y., Li, Y., Xiao, X., Zhou, Y., Zhang, N., Long, D., Liu, H., Yang, L., Bai, X., Li, Q., Li, T., Che, D., Li, L., Wang, X., Zhang, P. & Liao, M. FifBase: a comprehensive fertility-associated indicators factor database for domestic animals. Briefings in Bioinformatics , 1-7, doi:10.1093/bib/bbaa432 (2021).
2 Zhu, Z., Wu, X., Li, Q., Zhang, J., Yu, S., Shen, Q., Zhou, Z., Pan, Q., Yue, W., Qin, D., Zhang, Y., Zhao, W., Zhang, R., Peng, S., Li, N., Zhang, S., Lei, A., Miao, Y. L., Liu, Z., Chen, X., Wang, H., Liao, M. & Hua, J. Histone demethylase complexes KDM3A and KDM3B cooperate with OCT4/SOX2 to define a pluripotency gene regulatory network. FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology 35, e21664, doi:10.1096/fj.202100230R (2021).
3 Yu, X. W., Li, T. T., Du, X. M., Shen, Q. Y., Zhang, M. F., Wei, Y. D., Yang, D. H., Xu, W. J., Chen, W. B., Bai, C. L., Li, X. L., Li, G. P., Li, N., Peng, S., Liao, M. Z. & Hua, J. L. Single-cell RNA sequencing reveals atlas of dairy goat testis cells. Zoological research 42, 401-405, doi:10.24272/j.issn.2095-8137.2020.373 (2021).
4 Wu, X. L., Zhu, Z. S., Xiao, X., Zhou, Z., Yu, S., Shen, Q. Y., Zhang, J. Q., Yue, W., Zhang, R., He, X., Peng, S., Zhang, S. Q., Li, N., Liao, M. Z. & Hua, J. L. LIN28A inhibits DUSP family phosphatases and activates MAPK signaling pathway to maintain pluripotency in porcine induced pluripotent stem cells. Zoological research 42, 377-388, doi:10.24272/j.issn.2095-8137.2020.375 (2021).
5 Sun, C., Zhang, N., Yu, P., Wu, X., Li, Q., Li, T., Li, H., Xiao, X., Shalmani, A., Li, L., Che, D., Wang, X., Zhang, P., Chen, Z., Liu, T., Zhao, J., Hua, J. & Liao, M. Enhancer recognition and prediction during spermatogenesis based on deep convolutional neural networks. Mol Omics 16, 455-464, doi:10.1039/d0mo00031k (2020).
6 Shen, Q., Xiao, X., Aierken, A., Yue, W., Wu, X., Liao, M. & Hua, J. The ACE2 expression in Sertoli cells and germ cells may cause male reproductive disorder after SARS-CoV-2 infection. Journal of cellular and molecular medicine 24, 9472-9477, doi:10.1111/jcmm.15541 (2020).
7 Li, T., Li, Q., Li, H., Xiao, X., Warraich, D. A., Zhang, N., Chen, Z., Hou, J., Liu, T., Weng, X., Liu, Z., Hua, J. & Liao, M. Pig-specific RNA editing during early embryo development revealed by genome-wide comparisons. Febs Open Bio 10, 1389-1402, doi:10.1002/2211-5463.12900 (2020).
8 Li, Q., Li, T., Xiao, X., Ahmad, D. W., Zhang, N., Li, H., Chen, Z., Hou, J. & Liao, M. Specific expression and alternative splicing of mouse genes during spermatogenesis. Molecular Omics 16, 258-267, doi:10.1039/c9mo00163h (2020).
9 Wang, X., Wu, X., Zhu, Z., Li, H., Li, T., Li, Q., Zhang, P., Li, L., Che, D., Xiao, X., Liu, T., Hua, J. & Liao, M. Landscape of RNA editing reveals new insights into the dynamic gene regulation of spermatogenesis. Cell Cycle 18, 3351-3364, doi:10.1080/15384101.2019.1676584 (2019).
10 Li, L., Che, D., Wang, X., Zhang, P., Rahman, S. U., Zhao, J., Yu, J., Tao, S., Lu, H. & Liao, M. CellSim: a novel software to calculate cell similarity and identify their co-regulation networks. Bmc Bioinformatics 20, 9, doi:10.1186/s12859-019-2699-3 (2019).
11 Wang, X., Zhang, P., Li, L., Che, D., Li, T., Li, H., Li, Q., Jia, H., Tao, S., Hua, J., Zeng, W. & Liao, M. miRNA editing landscape reveals miR-34c regulated spermatogenesis through structure and target change in pig and mouse. Biochemical And Biophysical Research Communications 502, 486-492, doi:10.1016/j.bbrc.2018.05.197 (2018).
12 Wang, W., Zhang, P., Li, L., Chen, Z., Bai, W., Liu, G., Zhang, L., Jia, H., Li, L., Yu, Y. & Liao, M. ATD: a comprehensive bioinformatics resource for deciphering the association of autophagy and diseases. Database-the Journal Of Biological Databases And Curation , 10, doi:10.1093/database/bay093 (2018).
13 Che, D., Wang, Y., Bai, W., Li, L., Liu, G., Zhang, L., Zuo, Y., Tao, S., Hua, J. & Liao, M. Dynamic and modular gene regulatory networks drive the development of gametogenesis. Briefings In Bioinformatics 18, 712-721, doi:10.1093/bib/bbw056 (2017).
14 Bai, W., Yang, W., Wang, W., Wang, Y., Liu, C., Jiang, Q., Hua, J. & Liao, M. GED: a manually curated comprehensive resource for epigenetic modification of gametogenesis. Briefings In Bioinformatics 18, 98-104, doi:10.1093/bib/bbw007 (2017).
15.9月26日，我院幹細胞與動物疾病團隊、生命科學院廖明幟和北京生命科學研究所王偉團隊合作在PNAS雜誌線上發表題為“Super-enhancers conserved within placental mammals maintain stem cell pluripotency”（DOI number 10.1073/pnas.2204716119） (2022).
中文論文：
宿菲，吳超，徐建凱，廖明幟，張昀，劉寶全,“蛋白互作與基因共同控的關聯研究”. 國際遺傳學雜誌,35卷,2期, 2012.
榮譽表彰
科研成果獎勵
陝西省科技進步二等獎
楊凌示範區科學技術獎勵一等獎
動物生殖發育的分子機理，幹細胞乾性維持及誘導分化機理。
科研項目
國家自然科學基金（31301938）
陝西省自然科學基金（2014JQ3110）
中央高校基本科研業務費（2452015077）
陝西省人才專項（2013-2015）
西北農林科技大學博士科研啟動基金（2011-2013）
西北農林科技大學生命學院科研實驗室項目（2011）
社會任職
（1）國家自然科學基金通訊評審專家
（2）中國計算機學會生物信息學專業委員會委員
（3）中國人工智慧學會生物信息學與人工生命專業委員會委員
（4）陝西省動物學會理事
（5）多個SCI雜誌編輯、審稿人
