根據《廈門市市級機構改革實施方案》，廈門市自然資源和規劃局是此次機構改革中新組建並最佳化職責的副廳級市政府工作部門之一。機構改革後，不再保留廈門市國土資源與房產管理局和廈門市規劃委員會。
2019年3月27日，廈門市自然資源和規劃局掛牌成立。
工作職責,現任領導,
工作職責
廈門市自然資源和規劃局，是將市國土資源與房產管理局的國土資源管理職責，市規劃委員會的職責，以及市發展和改革委員會的組織編制主體功能區規劃職責，市環境保護局的組織劃定生態紅線職責，市水利局的水資源調查和確權登記管理職責，市市政園林局(市林業局)的森林、濕地等資源調查和確權登記管理職責，市海洋與漁業局的擬訂海洋功能區劃、海域開發利用總體規劃、無居民海島保護規劃以及海域海島等資源調查和確權登記管理職責，相關部門的自然保護區管理職責等整合組建的，作為市政府工作部門，副廳級。
現任領導
廈門市自然資源和規劃局局長：龔建陽
