廈門市海洋與漁業研究所是廈門市海洋和漁業局直屬單位，加掛廈門市海洋與漁業環境監測站、廈門市漁業質量監站、廈門市海域使用動態監視監測中心、廈門市水產技術推廣站牌子，負責各類水產品質量安全的監督檢驗、指導。
1、組織海洋與漁業環境的監測、預報、研究與評價；負責海洋環境監測網路的技術運行，編制海洋環境質量公報、漁業環境監測年報；
2、負責各類水產品質量安全的監督檢驗、指導；漁藥使用的監測、指導、監管；負責養殖病害防治；水生動物防疫檢疫。
3、承擔海洋生物資源增殖與保護技術研究；廈門海洋珍稀物種的保護技術研究。
4、承擔水產技術推廣體系建設和業務指導；負責實施新技術、新品種的引進、試驗、示範及生產指導，漁（農）民的公共培訓，漁業行業職業技能鑑定；
5、承擔海洋與漁業災害預報與防治措施研究；海洋與漁業污染事故的調查鑑定和經濟損失評估；
6、負責對本市所轄海域使用狀況進行動態實時監控；管理海域空間地理基礎信息資料庫和海域使用動態監視監測數據；承擔海洋與漁業綜合信息採集分析處理與報送。
