廈門大學醫學院微生態研究院是依託廈門大學醫學院和廈門大學附屬中山醫院消化病醫院建立的科研機構。研究院整合了廈門大學醫學院、生命科學學院、藥學院及公共衛生學院等平台資源，依託海峽醫學發展基金、海峽醫學多中心平台、海峽兩岸暨世界華人高峰論壇及世界華人消化青年論壇等平台逐漸發展壯大自己的影響力。
微生態研究院充分利用其在科研與臨床上的優勢與資源，積極推進無菌小鼠、基因測序、大數據及人工智慧等平台建設，通過無菌動物與菌群移植技術、DNA測序測定腸道菌群的種類組成的技術、生物信息學技術、分子細胞生物學、免疫學系列手段，開展菌群資料庫、供體腸菌庫、標本庫與隨訪資料庫、疾病動物模型、分子診斷平台和個體化微生態治療體系等的建設；開展人類重大疾病、慢性病的發生髮展與胃腸微生態之間相互關係的研究，探討微生態療法的臨床套用以及微生態相關的診斷和治療產品的轉化研究。
