常州大學醫學發展研究院直屬於常州大學、具有相對獨立人事權和財務權的科研實體，依託於常州大學和常州市第二人民醫院，實行理事會領導下的院長負責制。
常州大學醫學發展研究院研究場所設於江蘇省常州市第二人民醫院陽湖院區，並由江蘇省常州市第二人民醫院陽湖院區提供相應的基本設施保障。
常州大學醫學發展研究院由分子醫學研究所、免疫醫學研究所、再生醫學研究所、和製藥工程研究所等4個研究所組成。各研究所結合醫療與學科特色分別側重1-2個研究重點予以建設。研究所實行項目管理制度，研究隊伍由固定人員和流動人員組成，固定人員以學術帶頭人和高級研究人員為主，由研究院院長聘任，其他研究人員由學術帶頭人根據項目的需要自主聘任。
