巴彥淖爾市種子管理站，隸屬巴彥淖爾市農牧業局，科級建制，領導行政職數一正二副，內設三股一室，即：品種管理股、種子市場管理股、種子質量檢驗股、辦公室。
單位職能,內設機構,
單位職能
1、農作物新品種區域試驗管理：
農作物新品種小區試驗，農作物新品種生產試驗，農作物新品種區域試驗管理。
2、農作物種子質量管理
農作物種子質量檢驗，農作物種子質量監督檢驗，委託檢驗，仲裁檢驗和農作物種子質量標準化管理。
3、負責全市農作物種子的行政執法和技術執法工作，履行種子執法職責，行政許可和行政處罰等有關工作。
內設機構
（一）辦公室職能
1、嚴格按上級部門指示做好站里的一切工作。
2、在上級領導和站領導的支持下，認真完成本站的各項管理制度，並組織實施。
3、制定好本站的各項管理制度，處理好一切正常事務及有關檔案材料的起草、列印、收發工作。
4、搞好檔案管理、人事統計、機關紀律、衛生、安全、保衛、工、青、婦、計生及車輛管理和後勤保障工作。
5、 協調好各股室之間的工作配合，創造良好的工作環境。
6、負責辦公用品的購置，保管發放，組織職工學習以及有關檔案的擬稿和落實。
7、按時通知並召集會議，做好會議服務。
8、經常了解站內工作中存在的問題及時向領導匯報並提出解決意見。
（二）種子市場管理股職能
一、認真宣傳貫徹執行《中華人民共和國種子法》、《內蒙古自治區種子條例》及其配套法律、法規。隨時了解掌握全市種子市場的具體情況和存在問題，並提出解決的建議。
二、指導並直接參與全市種子市場的管理工作：包括各類農作物種子的調運、生產、經營、包裝、標籤、質量等管理。
三、審核、申報、簽發種子生產許可證，種子經營許可證，原包裝種子銷售證，委託代銷證，分支機構備案登記，非主要農作物種子備案登記，種子調運證。
四、依法查處種子生產、經營活動中的違法行為，並做好全盟各旗縣的指導協調工作。
五、負責全市種子管理、檢驗、生產、經營技術人員的培訓工作。
六、負責全市種子糾紛的仲裁和鑑定工作。
七、完成自治區種子管理站和市農牧業局下達的其他工作。
（三）種子質量檢驗股
農作物種子質量檢驗股，是巴彥淖爾市農牧業局批准設立，並通過巴市技術監督局計量認證，審查認可的，成為巴彥淖爾市法定的農作物質量檢驗機構。
它的職能是：承擔全市所有農作物種子的
1、監督檢驗；
2、仲裁檢驗；
3、委託檢驗；
並在有效範圍內出據具有法律效力的檢驗報告。
（四）品種管理股職能
1、負責國家、自治區各類農作物新品種試驗示範。
2、負責國家、自治區各類農作物參試新品種的呈報工作。
3、負責各類農作物新品種的田間鑑定工作。
4、負責全市各類農作物新品種審、認定材料的審核、上報。
5、負責全市農作物品種市場的管理及種子糾紛案件的仲裁工作。
6、負責全市各類農作物新優品種的推薦工作。
7、負責全市農作物推廣品種的建檔工作。
8、負責全市種子企業種子知識培訓工作。
