差異甲基化區指在多種樣本（組織、細胞、個體等）中基因組裡甲基化狀態不相同的區域。
差異甲基化區（英語：Differentiallymethylatedregions，DMRs）指在多種樣本（組織、細胞、個體等）中基因組裡甲基化狀態不相同的區域，被看作為可能參與基因轉錄水平調控的功能性區域。在多種組織中鑑定DMRs（T-DMRs）綜合考察了人類組織中表觀遺傳學的差異。癌症與正常樣品間的DMRs（C-DMRs）展示出癌症中甲基化缺失情況。眾所周知，DNA甲基化與細胞分化及增殖有關，現找到發育階段（D-DMRs）及重編程階段（R-DMRs）中存在的許多DMRs。此外還存在著個體內DMRs（Intra-DMRs），這種DMRs在給定的個體中隨著年齡的增長而在全局DNA甲基化過程中發生縱向改變。也有個體間DMRs（Inter-DMRs），這種DMRs在不同個體間存在差異甲基化類型。
