巢湖研究院是巢湖市一所圍繞巢湖治理、保護與綠色發展的研究機構，於2018年1月30日在合肥學院舉行成立。
2018年1月30日上午，巢湖研究院揭牌儀式在合肥學院舉行。
為貫徹落實省委、省政府關於加快建設綠色發展美麗巢湖的決策部署，構建支撐巢湖治理與保護的思想智庫和技術平台，合肥市委、市政府決定成立“巢湖研究院”，與經省編辦批准的省巢湖管理局湖泊生態環境研究院實行“一個機構、兩塊牌子”。
巢湖研究院實行“領導小組、管理班子、研究團隊”三級管理架構。領導小組組長由市領導擔任，在國內選聘院士、專家組建專家委員會，研究院暫內設綜合事務部、科研及交流部、計畫財務部和水文與水動力研究室、環境科學與工程研究室、湖泊生態修復研究室、藍藻應急處置與資源化研究室、湖泊治理技術集成與裝備研究室，後期將成立若干個重點實驗室。
巢湖研究院將圍繞巢湖治理、保護與綠色發展的重大科技需求，堅持“有所為、有所不為”和“只求所用、不求所有”，有針對性地開展基礎研究、戰略研究、集成研究、示範研究、試驗研究。巢湖研究院將秉承“篤學慎思、明辨尚行、博採眾長、求實創新”的科學宗旨和“勤儉建院、技術立院、人才興院、創新強院”的辦院方針，努力成為全國老三湖、新三湖中第一個省級研究機構，巢湖基礎研究與技術集成的專業科研場所，國內外湖泊治理與保護技術的合作交流平台和國內一流的湖泊試驗基地。
