《The Adventures of Superboy》，故事的發生地由Shuster University轉到位於Capitol City, Florida的"靈異事務局"（The Bureau for Extra-Normal Matters），在那裡Clark和Lana都是實習生。靈異事務局被描繪成一個專門調查超自然事務和外星人（包括Superboy）的政府機構。
該劇在第三季又作了更多改動。劇名正式更改成《The Adventures of Superboy》。
角色Andy McCalister在第三季時被取消了，但是其演員Ilan Mitchell-Smith在"Season 03 Episode 12: Special Effects (1991)"再度客串Andy McCalister，這時的他是一家電影演播室的實習生。新出現的常駐角色是Peter Jay Fernandez飾演的Matt Ritter，Clark和Lana在靈異事務局的同事，以及Robert Levine飾演的C. Dennis Jackson，靈異事務局局長。
該劇在第三季的基調變得低沉，總體上體現出黑色電影的很多特色。當時的一些記者認為這種基調很大程度上是因為一年前Tim Burton主演的Batman電影獲得成功。新任製片人Julia Pistor和演員Gerard Christopher補充說，很多故事情節都有成熟的主題，比如"Season 03 Episode 05: Roads Not Taken: Part 1 (1990)"和"Season 03 Episode 06: Roads Not Taken: Part 2 (1990)"講述的是Superboy遭遇的不同人生：當Kal-El來到地球後所經歷的不是像現在這樣的，他遇到了另外的自己，一個穿著一件黑夾克、戴著墨鏡的自己在憤怒之下殺死了Lex，另一個成為地球的殘暴統治者；"Season 03 Episode 10: Mindscape (1990)"講述了Superboy內心深處的恐懼，一種外星生命將恐懼帶進了Superboy的噩夢，同時吸取他的能量；"Season 03 Episode 17: Rebirth: Part 1 (1991)"和"Season 03 Episode 18: Rebirth: Part 2 (1991)"中，Superboy面臨著可能使一個人意外喪命而決定放棄Superboy身份的選擇。第三季最後的兩集"Season 03 Episode 25: The Road to Hell: Part 1 (1991)"和"Season 03 Episode 26: The Road to Hell: Part 2 (1991)"，劇組請來了演員Ron Ely客串另一個現實世界中已退休的成年Superman。
