寧夏回族自治區防汛抗旱指揮部辦公室是自治區防汛抗旱指揮部的辦事機構，辦公室下設綜合科、業務科、計畫財務科。
寧夏回族自治區防汛抗旱指揮部辦公室的職責是：貫徹執行國家有關防汛抗旱工作的方針、政策和法規；了解、掌握和分析氣象、雨情、水情、汛情、旱情、災情、險情、工情及其變化情況，及時向國家防總、黃河防總和自治區人民政府報告並提出處理意見；下達防汛抗旱指揮部的決策和指令；組織、協調部隊和其他搶險救災隊伍的防洪搶險抗旱工作；組織防汛安全大檢查；督促險工段的處理及水毀工程的修復；組織制訂防禦特大洪水方案和應急措施；組織審定水庫防限水位、河道堤防警戒水位，並監督運用計畫的執行；配合做好黃河河流和水庫的防洪調度工作；組織做好災情統計、評估以及資料調查和整編；負責防汛抗旱經費、物資的計畫、調配與管理；組織建立、健全防汛抗旱通訊制度和自治區防汛抗旱指揮系統，推廣、套用先進技術；組織有關人員的學習培訓，開展防汛抗旱宣傳工作；做好防汛抗旱工作總結和資料彙編，推廣防汛抗旱工作先進經驗；對重大防洪預案的審查。
