在分子克隆中，經常會遇到這樣的情況，測序純化蛋白可得到一段短胺基酸序列，由於遺傳密碼子的簡併性，許多寡核苷酸可能編碼這一段胺基酸。然而在這些寡核苷酸中，只有一種與目的基因編碼序列完全匹配。因為無法預知究竟那一種寡核苷酸是該基因的真正配對物，只能合成含所有編碼可能的寡核苷酸組合庫來作為探針。根據胺基酸序列的長度及每一位置的簡併核苷酸數，組合庫可能含多達數百個寡核苷酸。如果能建立一種雜交條件，使僅有完全匹配的寡核苷酸與目的基因能形成穩定的雜交體，那么目的基因的克隆就能很容易地從基因組或cDNA文庫中分離出來.
