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地理環境
保護區範圍包含大、小貓嶼陸地部份及其向外延伸100公尺之海域部份。大貓嶼高約70公尺,為澎湖群島的最高處,四面為陡立的懸崖,攀登不易,只有東側有一海蝕平台,可供賞鳥者登入。小貓嶼位於大貓嶼東方,退潮時有一寬約10公尺的海溝相連,高約50公尺,四周崖壁陡峭,無法攀爬。 適合冒險。
自然環境
1.氣溫:年平均氣溫23.2℃;每年以1月最冷,平均約16.3℃;以7月最熱,平均約28.6℃。
2.雨量:澎湖群島年雨量約1,000公釐左右,但蒸發量達1,800公釐。
3.海拔高度:0-70公尺。
4.地質特性:大、小貓嶼的岩層上層皆由較緻密的玄武岩構成,柱狀節理多呈彎曲狀;下層則由火山角礫岩組成。層間夾有較薄的多孔狀玄武岩。柱狀節理多呈彎曲狀;下層則由火山角礫岩組成。層間夾有較薄的多孔狀玄武岩。
動物資源
蒼燕鷗(Sternasumatrana)
身長30公分。嘴為黑色,前端帶有黃色;腳黑褐色,尾長有深叉。頭部從嘴基部到頭後部有一條黑紋,臉、體下與尾部為白色,背、翼為淡灰白色,有白色翼帶,且初級飛羽的第一羽為灰色。
白眉燕鷗(Sternaanaetheta)
身長40公分,眼、嘴為黑色,頭頂與後頸黑色,過眼線黑色,上有白眉,因而得名。身上覆羽,除背、翼及尾部為暗灰褐色,其餘均為白色。
玄燕鷗(Anousstolidus)
身長30公分。嘴為黑色,前端帶有黃色;腳黑褐色,尾長有深叉。頭部從嘴基部到頭後部有一條黑紋,臉、體下與尾部為白色,背、翼為淡灰白色,有白色翼帶,且初級飛羽的第一羽為灰色。
白眉燕鷗(Sternaanaetheta)
身長40公分,眼、嘴為黑色,頭頂與後頸黑色,過眼線黑色,上有白眉,因而得名。身上覆羽,除背、翼及尾部為暗灰褐色,其餘均為白色。
玄燕鷗(Anousstolidus)
身長40公分。全身大部分為黑褐色,過眼線黑色,頭頂灰白色,喉部灰色。嘴黑色,腳黑色。