臨床醫學系設有臨床醫學和康復治療技術兩個專業。臨床醫學專業為省級特色專業，2011年為了促進就業，在原臨床醫學專業基礎上又分出了影像、眼視兩個方向班。
臨床醫學系設有臨床醫學和康復治療技術兩個專業。臨床醫學專業為省級特色專業，2011年為了促進就業，在原臨床醫學專業基礎上又分出了影像、眼視兩個方向班。臨床醫學專業也是安徽省衛生廳為農村定向培養衛生人才專業，是在全省專科層次率先開展“工學結合”人才培養模式的專業。康復治療技術專業是依託省運動醫學會等行業支持開辦的新興專業，該專業2011年被安徽省教育廳立項為“卓越康復技師培養創新實驗區”。
臨床醫學系共有教師34人，附屬醫院教師近200人。高級職稱的教師占教師總數的41%，其中碩士以上學歷占44%。有現代化臨床技能實訓中心、康復治療實訓中心和影像實實訓中心。具有附屬醫院3所，教學醫院2所，實習醫院20餘所。2011年就業率98.6%、2012年就業率97.4%。 自2008年以來，我系共獲得的省、校級質量工程項目19項。教師擔任國家級和省級規劃教材主編及副主編教材20餘部，參編了30餘部，編寫輔導教材4本；近5年我系教師發表了教科研論文論著共50餘篇。
