在學術上最大的貢獻,在於對侵華日軍南京大屠殺暴行的研究。2000年7月8日中央電視台“東方之子”欄目在對其專訪節目中,稱其為“國內外公認的研究南京大屠殺事件的權威”。在這方面的主要學術專著有:《南京大屠殺》(北京出版社1997年版,中國社科文獻出版社2003年11月出日文版)和《1937南京悲歌》(台灣先智出版事業股份有限公司1995年版)、《南京大屠殺——事實及紀錄》(與吳天威合著,中國文史出版社1997年版)、《澄清歷史-南京大屠殺研究與思考》(江蘇人民出版社2005年版)等,以及數十篇相關係列論文,如:《關於南京大屠殺屍體處理的研究》(《南京社會科學》1991年第4期,中國人大複印資料《中國現代史》1991年第11期全文複印)、《試論南京大屠殺中的“安全區”》(《南京社會科學》1992年第5期,中國人大複印資料《中國現代史》1992年第12期全文複印)、《南京大屠殺與南京軍民的反抗》(《學海》1993年第2期,中國人大複印資料《中國現代史》1993年第5期全文複印)、《論南京大屠殺的背景和範疇》(《民國檔案》1995年第1期,中國人大複印資料《中國現代史》1995年第5期全文複印)、《日本軍國主義與南京大屠殺》(《江海學刊》1995年第6期,中國人大複印資料《中國現代史》1996年第1期全文複印)、《關於南京大屠殺稱謂、規模和地域的爭議》(《民國春秋》1998年第6期,中國人大複印資料《中國現代史》1999年第2期全文複印)、《論南京大屠殺的準備、實施和延伸》(《江海學刊》2000年第5期,中國人大複印資料《中國現代史》2001年第2期全文複印)、《論南京大屠殺遇難人數認定的歷史演變》(《江海學刊》2001年第6期,中國人大複印資料《中國現代史》2002年第4期全文複印)、《論南京大屠殺的早期傳播》(《南京社會科學》2004年第6期,中國人大複印資料《中國現代史》2004年第9期全文複印)等,建立了對南京大屠殺史研究的最新架構和體系,根據國內外最新資料,提出了一系列富有創見的觀點。其研究水平,處於國內領先地位。他最先運用屍體掩埋和處理的統計,來認定30萬同胞慘遭屠殺的事實;理性地從基本原因、直接原因和間接原因等三個方面去認識南京大屠殺發生的原因;獨創地提出“屠殺與反抗同在,屈辱與光榮並存”這一對南京大屠殺的巨觀認識。《南京大屠殺》一書出版後,受到國際、國內學術界的普遍重視。包括美國、日本、香港在內的國內外20餘種報刊為此發表了評介、推薦文章和出版訊息,被譽為“研究南京大屠殺的開拓之作”。其“緒論”中的部分內容,已被譯成英文,編入美國普林斯頓大學歷史系主編的英文史學論文集,《南京1937:紀念與反思》(Nanking 1937: Memory and Healing)。