基本介紹
人物經歷,主要成就,科研成就,代表論文,人才培養,榮譽表彰,人物評價,
人物經歷
1997-2020年，孫仁歷任加州大學洛杉磯分校（UCLA）David Geffen醫學院藥學系助理教授、副教授、終身教授、藥理學傑出教授、生物工程傑出教授。近兩年，孫仁教授於香港大學生物醫學學院任職，任終身教授、講席教授。孫仁教授熱心教育與國際合作，曾先後擔任UCLA協理校務長和醫學院資深副院長、香港大學校長資深顧問。
孫仁教授全職加入西湖大學，任講席教授、應急醫學研究中心主任。自2022年3月起，任西湖大學工學院生物醫學工程領域兼聘教授。
主要成就
科研成就
科研綜述
孫仁教授長期致力於病毒學及免疫學研究，採用系統生物學方法，整合基因組學、蛋白質組學、結構生物學和數學建模，研究病毒入侵宿主的機理。其團隊首次在單核苷酸精度上解析病毒全基因組的功能圖譜，並根據該圖譜首次在單胺基酸水平上精準設計病毒疫苗，首次在原子解析度下解讀非對稱性RNA病毒基因組的結構，為開發全新的疫苗設計方案提供了堅實的基礎。近年來，孫仁教授團隊致力於開發高通量、系統性的免疫檢測方法，包括檢測具有抗原特異性的抗體、B細胞、T細胞等，並結合mRNA展示、單細胞測序、蛋白組學等技術，力爭在動物整體水平上定量描繪病毒感染和疫苗接種後的機體特異性免疫的圖譜，並解讀其機制。
在西湖大學，孫仁教授課題組將在以下幾個方向進行研究：
（1） 病毒基因組的精準功能定位和疫苗研發：
孫仁教授團隊研發了高通量的病毒篩選平台，可以在一個給定篩選條件下（包括尋找共感染因子、藥物抗性、免疫逃逸等），對病毒的全基因組進行快速精準的功能定位，並且可以對相應區域進行精準改造，以提高病毒的免疫原性，同時降低其致病性而不降低複製和生產能力，從而研發新型的減毒疫苗。 課題組將利用上述平台，繼續對Influenza virus、SARS-CoV-2、HBV、腫瘤相關皰疹病毒、HIV等病毒進行精準的功能性研究，並開發新型疫苗。
（2） 系統性評價感染與疫苗接種後的免疫反應及機理
孫仁教授團隊將建立並運用高通量的特異性抗體及T/B細胞研究平台，進行免疫組學（Immunome）研究，從而對病毒感染及疫苗接種引發的免疫反應進行系統性、高精度的評估，精確解讀特異性抗體、B細胞、T細胞在抗病毒免疫中的作用及機制。課題組還計畫將這些平台用於對腫瘤、自身免疫性疾病、神經免疫的研究當中。
（3） 蛋白質結構與功能的研究
孫仁教授團隊近年來結合體外進化、蛋白結構解析及質譜技術，進行蛋白質改造與設計，並解讀蛋白與蛋白結合的基本原則。在西湖大學，課題組將致力於設計、篩選和改進蛋白/多肽結合體，以對疾病進行診斷和治療。
代表論文
*Co-corresponding authors
1. Yuan S, Yin X, Meng X, Chan JF, Ye ZW, Riva L, Pache L, Chan CC, Lai PM, Chan CC, Poon VK, Lee AC, Matsunaga N, Pu Y, Yuen CK, Cao J, Liang R, Tang K, Sheng L, Du Y, Xu W, Lau CY, Sit KY, Au WK, Wang R, Zhang YY, Tang YD, Clausen TM, Pihl J, Oh J, Sze KH, Zhang AJ, Chu H, Kok KH, Wang D, Cai XH, Esko JD, Hung IF, Li RA, Chen H, Sun H, Jin DY, Sun R*, Chanda SK*, Yuen KY*. Clofazimine broadly inhibits coronaviruses including SARS-CoV-2. Nature. 2021 May;593(7859):418-423. doi: 10.1038/s41586-021-03431-4. Epub 2021 Mar 16. PMID: 33727703.
2. Du Y, Hultquist JF, Zhou Q, Olson A, Tseng Y, Zhang TH, Hong M, Tang K, Chen L, Meng X, McGregor MJ, Dai L, Gong D, Martin-Sancho L, Chanda S, Li X, Bensenger S, Krogan NJ, Sun R. mRNA display with library of even-distribution reveals cellular interactors of influenza virus NS1. Nat Commun. 2020 May 15;11(1):2449. doi: 10.1038/s41467-020-16140-9. PMID: 32415096; PMCID: PMC7229031.
3. Gong D, Dai X, Jih J, Liu YT, Bi GQ, Sun R*, Zhou ZH*. DNA-Packing Portal and Capsid-Associated Tegument Complexes in the Tumor Herpesvirus KSHV. Cell. 2019 Sep 5;178(6):1329-1343.e12. doi: 10.1016/j.cell.2019.07.035. Epub 2019 Aug 22. PMID: 31447177; PMCID: PMC6753055.
4. Thaker SK, Chapa T, Garcia G Jr, Gong D, Schmid EW, Arumugaswami V, Sun R*, Christofk HR*. Differential Metabolic Reprogramming by Zika Virus Promotes Cell Death in Human versus Mosquito Cells. Cell Metab. 2019 May 7;29(5):1206-1216.e4. doi: 10.1016/j.cmet.2019.01.024. Epub 2019 Feb 28. PMID: 30827860; PMCID: PMC6818653.
5. Du Y, Xin L, Shi Y, Zhang TH, Wu NC, Dai L, Gong D, Brar G, Shu S, Luo J, Reiley W, Tseng YW, Bai H, Wu TT, Wang J, Shu Y, Sun R. Genome-wide identification of interferon-sensitive mutations enables influenza vaccine design. Science. 2018 Jan 19;359(6373):290-296. doi: 10.1126/science.aan8806. PMID: 29348231.
6. Dai X, Gong D, Lim H, Jih J, Wu TT, Sun R*, Zhou ZH*. Structure and mutagenesis reveal essential capsid protein interactions for KSHV replication. Nature. 2018 Jan 25;553(7689):521-525. doi: 10.1038/nature25438. Epub 2018 Jan 17. PMID: 29342139; PMCID: PMC6039102.
7. Qi H, Chu V, Wu NC, Chen Z, Truong S, Brar G, Su SY, Du Y, Arumugaswami V, Olson CA, Chen SH, Lin CY, Wu TT, Sun R*. Systematic identification of anti-interferon function on hepatitis C virus genome reveals p7 as an immune evasion protein. Proc Natl Acad Sci U S A. 2017 Feb 21;114(8):2018-2023. doi: 10.1073/pnas.1614623114. Epub 2017 Feb 3. PMID: 28159892; PMCID: PMC5338388.
8. Dai X, Li Z, Lai M, Shu S, Du Y, Zhou ZH*, Sun R*. In situ structures of the genome and genome-delivery apparatus in a single-stranded RNA virus. Nature. 2017 Jan 5;541(7635):112-116. doi: 10.1038/nature20589. Epub 2016 Dec 19. PMID: 27992877; PMCID: PMC5701785.
9. Wu NC, Dai L, Olson CA, Lloyd-Smith JO, Sun R. Adaptation in protein fitness landscapes is facilitated by indirect paths. Elife. 2016 Jul 8;5:e16965. doi: 10.7554/eLife.16965. PMID: 27391790; PMCID: PMC4985287.
10. Olson CA, Nie J, Diep J, Al-Shyoukh I, Takahashi TT, Al-Mawsawi LQ, Bolin JM, Elwell AL, Swanson S, Stewart R, Thomson JA, Soh HT, Roberts RW, Sun R. Single-round, multiplexed antibody mimetic design through mRNA display. Angew Chem Int Ed Engl. 2012 Dec 7;51(50):12449-53. doi: 10.1002/anie.201207005. Epub 2012 Nov 4. PMID: 23125174; PMCID: PMC3832244.
人才培養
在興趣的指引下，孫仁選擇了復旦大學生物系讀本科；留美時，又在耶魯大學深入學習了生物物理和生物化學，正巧結合了兩位潘老師啟蒙、引導的學科；後來到了UCLA，他也一直從事病毒學及免疫學研究，同時作為研究生院資深副院長負責培養體系與課程的規劃，培養了一批又一批優秀學生和科研領軍人才。至 今，孫仁還在用生物物理學的方法，探索解決病毒學上的問題。
榮譽表彰
孫仁教授曾獲得美國國家癌症研究院科學顧問委員傑出服務獎、寶來惠康基金獎、西湖友誼獎等獎項。
人物評價
生物學領域的研究，需要不斷注入“新鮮的血液”；教書育人，這也是孫仁不曾忘記的使命。他悄悄在這些年輕人心中埋下一顆種子，為他們的未來創造了另一種可能性。（杭州網評）
